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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 分子键能低的分子晶体可以用oniom优化激发态吗
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[Gaussian/gview] 分子键能低的分子晶体可以用oniom优化激发态吗

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zj123_45

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发表于 Post on 2020-12-11 01:03:04 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 zj123_45 于 2020-12-11 01:06 编辑

我遇到的问题：用oniom优化含有溴苯结构的晶体的S1态发生断键，使用的关键词是#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d) TD:uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity 结果正常结束未报错，GV查看Br-C距离2.5左右，明显是距离过远导致高斯view显示未成键。而真空中单分子优化S1未断键，所以我认为是周围MM区的静电相互作用造成Br-C太远。

想解决的问题：有没有什么办法在模拟固体环境的情况下又不会使Br-C键断裂？谢谢老师

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wzkchem5

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发表于 Post on 2020-12-11 11:14:49 | 只看该作者 Only view this author
首先确定一点，实验上确定了C-Br键不会断了吗？（我指的是分子还在激发态上的时候，所以单单是光照完了没有测出分解产物不能说明C-Br键在激发态不会断）
如果不确定实际上C-Br键不会断，就不能问“有没有什么办法不让C-Br键断裂”这种问题。只能问如何算得更准，不能问如何算得符合你的预期，因为你的预期有可能是错的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF（https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html）、ORCA（https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php）开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页：http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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zj123_45

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-11 20:43:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-11 11:14
首先确定一点，实验上确定了C-Br键不会断了吗？（我指的是分子还在激发态上的时候，所以单单是光照完了没有 ...

那么老师，像这种弱键能的固体能够用oniom模拟激发态吗，我是不是可以理解为可以模拟激发态，但是断键是不能避免的，因为也许实验上就是断键的。那么就没有办法在让它不断键的时候使模拟的激发态更准确吗？我老师说让我连上键再去掉周围的分子力场优化激发态，我不太明白，这算是一种方法吗，具体关键词是什么呢？（非常感谢您）
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wzkchem5

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发表于 Post on 2020-12-11 22:38:24 | 只看该作者 Only view this author
zj123_45 发表于 2020-12-11 20:43
那么老师，像这种弱键能的固体能够用oniom模拟激发态吗，我是不是可以理解为可以模拟激发态，但是断键是 ...

你是说你希望模拟不断键的时候体系的行为，来区分断键的影响和单纯激发的影响？
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-12 09:52:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-11 22:38
你是说你希望模拟不断键的时候体系的行为，来区分断键的影响和单纯激发的影响？

对的是这样，oniom可以做到吗，怎么调整呢
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wzkchem5

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发表于 Post on 2020-12-12 09:53:27 | 只看该作者 Only view this author
zj123_45 发表于 2020-12-12 09:52
对的是这样，oniom可以做到吗，怎么调整呢

把C-Br键长限制在基态的键长，再优化，就行了
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-12 20:26:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-12 09:53
把C-Br键长限制在基态的键长，再优化，就行了

老师，我这样输入
#p opt=modredundant oniom(b3lyp/6-31g(d) TD:uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity
.....

1156 1160 f

1 5 1.0
2 3 1.0 11 1.0 31 1.0
.....


报错：
Wanted an integer as input.
Found a string as input.
1156 1160 f                                                                     
          ?
Error termination via Lnk1e in /home/user/bin/g09/l101.exe at Tue May 12 20:18:21 2020.
怎么回事呢，没法上传图片，不好意思老师
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发表于 Post on 2020-12-16 05:14:24 | 只看该作者 Only view this author
zj123_45 发表于 2020-12-12 20:26
老师，我这样输入
#p opt=modredundant oniom(b3lyp/6-31g(d) TD:uff=qeq)=embedcharge geom=connectivi ...

看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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发表于 Post on 2020-12-16 08:38:46 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到过类似情况，多尝试几种优化初始状态，优化后也许就能得到不断键的分子结构了。
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