分子团簇与分子构象搜索程序molclus 1.1版发布！

sobereva

分子团簇和分子构象搜索程序molclus 1.1版发布于2015年2月8日发布。相对于之前的版本，变化仅在于用于筛选、排序结构的isostat程序。1.0版的isostat只能根据能量对结构进行区分，会遗漏掉不少能量接近简并的不同结构。在1.1版中isostat增加了几何判断标准，即便两个结构能量很接近，但结构不够接近也会被当成两个不同的结构。

molclus 1.1版已挂在molclus主页上http://www.keinsci.com/research/molclus.html。已购买完整版的用户只需下载1.1免费版并将其中的isostat提取出来即可。

相应地，对molclus程序的介绍帖子《使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）进行了很多更新，特别是(H2O)4的例子增加了之前isostat版本由于没考虑几何判断标准而遗漏的一个团簇结构。

以下是新的isostat的使用说明和细节介绍




这里有个名词叫距离序列。把某结构的natm*(natm-1)/2个原子对儿的距离计算出来储存到一维数组里，从小到大排序，就构成了距离序列。通过距离序列可以判断两个结构的几何偏差。这里做法是让两个结构的距离序列求差并且取绝对值，其中最大的元素就是几何偏差。

启动isostat后，先输入要载入的.xyz文件的路径，然后输入判断归簇的能量阈值和距离阈值。如果图省事的话可以直接敲三下回车，默认值见屏幕提示。isostat会循环.xyz文件里的每个结构，计算当前结构与已有的各个簇之间的几何偏差和能量差。如果发现当前结构与某个已有的簇之间几何偏差小于距离阈值，同时能量差小于能量阈值，则这个结构被归到那个已有的簇里，否则当前结构被认为是一个新的簇，并且这个新簇的距离序列和能量都以这个结构的作为代表。

然后程序对每个簇的能量从低到高排序。最后屏幕上会显示每个簇包含的结构的数目(Count)、能量(E)、与所有其它簇之间的几何偏差最小值(DGmin，单位为埃)，以及相对于最低能量构型的能量差(DE)。
#    1 Count:    1  E=   -777.571292 a.u.  DGmin=   0.02  DE=    0.00 kcal/mol
#    2 Count:    6  E=   -777.570863 a.u.  DGmin=   0.02  DE=    0.27 kcal/mol
#    3 Count:    7  E=   -777.570424 a.u.  DGmin=   0.17  DE=    0.55 kcal/mol
#    4 Count:    1  E=   -777.563874 a.u.  DGmin=   1.08  DE=    4.65 kcal/mol
#    5 Count:    7  E=   -777.529982 a.u.  DGmin=   0.21  DE=   25.92 kcal/mol
#    6 Count:    1  E=   -777.528484 a.u.  DGmin=   0.21  DE=   26.86 kcal/mol
#    7 Count:    1  E=   -777.500604 a.u.  DGmin=   0.11  DE=   44.35 kcal/mol
#    8 Count:    2  E=   -777.500402 a.u.  DGmin=   0.11  DE=   44.48 kcal/mol
#    9 Count:    5  E=   -777.474979 a.u.  DGmin=   1.21  DE=   60.43 kcal/mol
#   10 Count:    2  E=   -777.445099 a.u.  DGmin=   0.71  DE=   79.18 kcal/mol
#   11 Count:    1  E=   -777.429516 a.u.  DGmin=   1.11  DE=   88.96 kcal/mol
#   12 Count:    1  E=   -777.418271 a.u.  DGmin=   0.46  DE=   96.01 kcal/mol
#   13 Count:    1  E=   -777.392735 a.u.  DGmin=   1.92  DE=  112.04 kcal/mol
#   14 Count:    1  E=   -777.343895 a.u.  DGmin=   0.74  DE=  142.68 kcal/mol
#   15 Count:    1  E=   -777.339646 a.u.  DGmin=   0.69  DE=  145.35 kcal/mol
#   16 Count:    1  E=   -777.338671 a.u.  DGmin=   0.69  DE=  145.96 kcal/mol
#   17 Count:    1  E=   -777.262125 a.u.  DGmin=   2.57  DE=  193.99 kcal/mol
程序会把每个簇的结构和能量输出到当前目录下的cluster.xyz中。

Hint：输入能量阈值或几何阈值时，如果输入一个很大的数，相当于令此判断标准不生效。

therotyonth

学习！

xyz

本来想多极矩展开代替距离系列。但看来对于小团簇讲，距离系列计算量不大，而且更准。