amber分析脚本的几个命令什么意思？？

舍命为江山 · 发表于 Post on 2014-12-22 16:22:38

cpptraj中的2drms和drms是什么意思？？
看了手册貌似没找到清晰的解释
文献上说的是

2drms:calculate two-dimensional RMSD (i.e. RMSD of each frame to every other frame)

drms: calculate distance RMSD (also known as DMW)

相比RMSD，这两类用的好像比较少，但是貌似还是有其他用途，不知各位有谁比较清楚的来解答下啊

谢谢了

sobereva · 发表于 Post on 2014-12-22 22:21:22

一般的RMSD是通过比较两个结构的笛卡尔坐标得到，drms是比较二者的内坐标得到，可以完全排除平动转动的影响，也用不着先做align。

两个结构比较得到一个RMSD值，轨迹中的每一帧和一个结构比较得到RMSD曲线，而轨迹和轨迹比较就得到了2drms（二维RMSD），从中可以看到轨迹中的每一帧和每一帧之间的RMSD值。

therotyonth · 发表于 Post on 2015-3-13 10:24:23

还没有用过这两者！

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