MD后配体远离活性位点怎么办

舍命为江山 · 发表于 Post on 2015-3-17 15:05:03

手里拿了一个晶体结构做普通经典MD，一个甘露糖分子在受体表面的活性位点上，
已知甘露糖是和受体有很高亲和力的
但是我的MD结果是配体慢慢的就跑出活性位点了
我是用的amber14，自认为参数还是很准群的，就是不知道有哪些原因造成这个现象
我觉得是活性位点不够深，太过于平坦，而且其它无法模拟的因素对它们的结合有更重要的作用，不知有道理没
但是这样的话，那我岂不是得放弃这个MD了？？？
请大家交流下啊

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-3-17 15:12:37

你得明确配体是在哪个阶段跑飞的。加热？还是最后的动力学。每步都要观察再采取措施。

舍命为江山 · 发表于 Post on 2015-3-17 15:32:40

ChaosChiao 发表于 2015-3-17 15:12
你得明确配体是在哪个阶段跑飞的。加热？还是最后的动力学。每步都要观察再采取措施。

600ps的加热，2ns的平衡，是在production阶段，大概10ns时候就基本跑开了

ChaosChiao · 发表于 Post on 2015-3-17 20:55:31

那你在最后阶段先给配体加个弱限制跑10ns，让蛋白先运动，再放开配体限制。

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