Gaussian16用理论40核计算速度下降问题

Gaussian18 · 发表于 Post on 2018-10-26 10:13:27

本人刚开始接触高斯计算，用高速运算服务器的一个计算节点（包含20核，但因使用了SMT功能（？）理论可以使用40核）计算。结果同样的初始结构用40核和20核计算，经过时间（elapsed time）分别是7h21min和7h30min，但CPU时间分别是5d11h6min和4d52min。
猜测可能是高斯计算没有使用到40核计算，但高斯起始文件（~.gjf)中分别指定了%noprocshared=40或20。
想问高斯计算有理论上限么？这种情况下怎么提高计算速度？是否需要多节点分别计算？
多谢大神们的指教

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-10-26 10:46:45

20核就是20核，hyperthread出来的应该表述为“40线程”，不是啥“理论40核”。有多少物理核心就用多少个高斯线程（你没有描述错的话你有20个），否则每个线程都没有闲着的时候，显然会抢资源。

这和高斯的并行上限无关，计算任务不太小的时候72核并行都仍然有优势（当然你要有包含72个物理核心的机器）

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-26 12:06:37

仔细看
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439

别想着跨节点

Gaussian18 · 发表于 Post on 2018-10-26 12:44:02

sobereva 发表于 2018-10-26 12:06
仔细看
正确看待超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

多谢社长，好好学习

haos314 · 发表于 Post on 2019-4-1 22:52:29

多核处理不一定能获得线性加速比（即四十核耗时降到二十核耗时的一半）
比如多个核（线程）抢夺临界资源的时候就会使效率降低

理论上限参考Brent定理（固定工作量下讨论并行算法效率）
提高计算速度：选择支持avx2的，cache比较大的CPU
多节点计算通信开销大

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2019-4-29 08:38:08

本帖最后由灰飞的旋律于 2019-4-29 09:51 编辑

haos314 发表于 2019-4-1 22:52
多核处理不一定能获得线性加速比（即四十核耗时降到二十核耗时的一半）
比如多个核（线程）抢夺临界资源的 ...

请问下我做VASP计算，HSE泛函算DOS，可是我的双路E5 2673V4（2.3HGz 共40物理核，4根2400MHZ 32G内存条）比双路 E5 2680v4（2.4GHz 共28物理核，8根2400MHZ 8G内存条）计算速度反而慢了一大截呢，迭代一次耗时，也就是LOOP，前者21333秒，后者16545秒，那么实际耗时前者5.9小时，后者4.6小时，40核INCAR里NCORE=5, 28核设置的4.，没有开超线程
请问比较有可能会是哪些原因呢

planet5460 · 发表于 Post on 2021-1-23 14:48:42

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 08:38
请问下我做VASP计算，HSE泛函算DOS，可是我的双路E5 2673V4（2.3HGz 共40物理核，4根2400MHZ 32G内存条 ...

很有可能是多通道技术的问题，你后面的那个机器8根内存，不知道是不是插满了，开启了多通道技术，而前面那个机器虽然CPU强悍一些，但是只4根内存，肯定是没开启多通道技术的

abin · 发表于 Post on 2021-1-24 15:40:00

灰飞的旋律发表于 2019-4-29 08:38
请问下我做VASP计算，HSE泛函算DOS，可是我的双路E5 2673V4（2.3HGz 共40物理核，4根2400MHZ 32G内存条 ...

开启内存通道呀，
内存容量大不一定有用。

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