关于REMD的数据处理

xxj9618 · 发表于 Post on 2015-4-1 20:56:11

最近我做了一个自行设计的由28个氨基酸组成的肽链的REMD，由于没有实验数据参考，我想请教一下之后的数据处理该如何进行。如果我购买Molclus的话，是否可以对这个较大的系统进行构型搜索？

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-1 21:06:24

molclus和这个问题没有直接关系。
不清楚你希望得到什么结果，如何分析处理取决于这个。可以参考大量REMD文献的讨论方法。

xxj9618 · 发表于 Post on 2015-4-1 21:36:05

sobereva 发表于 2015-4-1 21:06
molclus和这个问题没有直接关系。
不清楚你希望得到什么结果，如何分析处理取决于这个。可以参考大量REMD ...

我现在进行了16个replicas的remd模拟，模拟计算后我得到了轨迹文件，现在想从中筛选出几个结构分析其二级结构（例如α螺旋结构）进而判断其二级结构随温度的变化情况

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-2 10:30:39

xxj9618 发表于 2015-4-1 21:36
我现在进行了16个replicas的remd模拟，模拟计算后我得到了轨迹文件，现在想从中筛选出几个结构分析其二级 ...

可以这么分析。
用DSSP之类的程序分析对应不同温度的轨迹的二级结构即可。

xxj9618 · 发表于 Post on 2015-4-3 13:00:31

sobereva 发表于 2015-4-2 10:30
可以这么分析。
用DSSP之类的程序分析对应不同温度的轨迹的二级结构即可。

谢谢sob老师

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