高斯激发态计算Erroneous read. Read -1 instead of 8错误

去离子水

在深圳的超算平台上进行Gaussian激发态的计算，输入文件如下：

1. %nprocshared=12
   
2. %mem=16GB
   
3. #p opt td=(triplets,nstates=30) b3lyp/6-311+g(d)
   
4. scrf=(solvent=dichloromethane) geom=connectivity
   
5. 
   
6. BICT T1  (nsccsz)
   
7. 
   
8. 0 1
   
9. N                  1.94256500   -1.30165800    1.29237900
   
10. C                  0.92915500   -1.99930500    0.63526900
    
11. N                  0.00027600   -1.28205300   -0.00074700
    
12. C                 -0.92844800   -1.99887600   -0.63744900
    
13. N                 -0.97488600   -3.34131500   -0.68569600
    
14. C                  0.00054500   -3.93513900   -0.00206900
    
15. N                  0.97582700   -3.34179300    0.68218400
    
16. C                  3.31043300   -1.70409400    1.20042300
    
17. C                  3.86576300   -2.97569700    1.05766200
    
18. C                  5.25593200   -3.06881200    0.95934400
    
19. C                  6.07273300   -1.92995600    1.00317300
    
20. C                  5.51002400   -0.66447200    1.14886200
    
21. C                  4.11982700   -0.54814200    1.24798900
    
22. C                  1.92506500    0.10640800    1.50136600
    
23. C                  3.24728900    0.59819200    1.41895700
    
24. C                  3.54100700    1.96773200    1.52450200
    
25. C                  2.50633300    2.86338200    1.73654400
    
26. C                  1.20287800    2.38068100    1.93191600
    
27. C                  0.89877000    0.99171100    1.87764700
    
28. C                 -0.02016300    3.06352000    2.28475200
    
29. C                 -0.33919700    4.41256200    2.48239400
    
30. C                 -1.62515300    4.74897100    2.89136500
    
31. C                 -2.58570900    3.74789500    3.11555200
    
32. C                 -2.29137300    2.39997800    2.92189800
    
33. C                 -1.00541100    2.06938800    2.48572900
    
34. N                 -0.44455700    0.80480900    2.22891100
    
35. C                 -1.02524600   -0.40244500    2.71833200
    
36. C                 -0.33831000   -1.18845300    3.65100100
    
37. C                 -2.30386200   -0.78516100    2.29367400
    
38. C                 -2.88806700   -1.94515000    2.80094100
    
39. C                 -2.19889400   -2.73746300    3.72246800
    
40. C                 -0.92275400   -2.35738000    4.14014200
    
41. N                 -1.94213400   -1.30081500   -1.29375300
    
42. C                 -3.30990000   -1.70366700   -1.20166100
    
43. C                 -3.86484700   -2.97553500   -1.05983100
    
44. C                 -5.25495900   -3.06908700   -0.96112900
    
45. C                 -6.07206400   -1.93039800   -1.00370100
    
46. C                 -5.50972600   -0.66464300   -1.14848600
    
47. C                 -4.11959000   -0.54788400   -1.24796600
    
48. C                 -3.24739800    0.59882000   -1.41820100
    
49. C                 -1.92505900    0.10746600   -1.50133300
    
50. C                 -3.54152300    1.96836200   -1.52252500
    
51. C                 -2.50714600    2.86447800   -1.73407500
    
52. C                 -1.20359500    2.38230200   -1.93007200
    
53. C                 -0.89907000    0.99338100   -1.87698400
    
54. N                  0.44432700    0.80715900   -2.22833600
    
55. C                  0.01922100    3.06579100   -2.28242600
    
56. C                  1.00477900    2.07213300   -2.48422700
    
57. C                  0.33778600    4.41509800   -2.47900100
    
58. C                  1.62360300    4.75226800   -2.88778200
    
59. C                  2.58446600    3.75168500   -3.11283600
    
60. C                  2.29059400    2.40351400   -2.92023300
    
61. C                  1.02534000   -0.39953300   -2.71873300
    
62. C                  0.33852700   -1.18513800   -3.65183000
    
63. C                  2.30413700   -0.78213800   -2.29450800
    
64. C                  2.88869200   -1.94154000   -2.80272000
    
65. C                  0.92333200   -2.35348300   -4.14192400
    
66. C                  2.19968700   -2.73340500   -3.72475400
    
67. H                  0.00067100   -5.02388000   -0.00263100
    
68. H                  3.23594600   -3.85362200    1.03410600
    
69. H                  5.70991400   -4.05083900    0.85802700
    
70. H                  7.15152900   -2.03668400    0.93108100
    
71. H                  6.13938700    0.22050900    1.18773200
    
72. H                  4.56609900    2.31430000    1.43388000
    
73. H                  2.70239400    3.93003100    1.79462700
    
74. H                  0.41040700    5.18346200    2.32419400
    
75. H                 -1.88877700    5.79141900    3.04646000
    
76. H                 -3.58188000    4.02700600    3.44822200
    
77. H                 -3.03825500    1.63761800    3.11117200
    
78. H                  0.64515200   -0.88132300    3.99158400
    
79. H                 -2.82062000   -0.18826200    1.54971300
    
80. H                 -3.87532400   -2.23830300    2.45541400
    
81. H                 -2.65240800   -3.64595000    4.10878900
    
82. H                 -0.37924200   -2.96491500    4.85848600
    
83. H                 -3.23480000   -3.85332900   -1.03726700
    
84. H                 -5.70864900   -4.05132100   -0.86051400
    
85. H                 -7.15080900   -2.03746500   -0.93133400
    
86. H                 -6.13932200    0.22021400   -1.18639700
    
87. H                 -4.56669500    2.31457000   -1.43143100
    
88. H                 -2.70352200    3.93111800   -1.79125900
    
89. H                 -0.41208100    5.18561200   -2.32017700
    
90. H                  1.88687100    5.79492700   -3.04205900
    
91. H                  3.58052100    4.03137800   -3.44536300
    
92. H                  3.03772400    1.64157500   -3.11020500
    
93. H                 -0.64511200   -0.87814100   -3.99202400
    
94. H                  2.82075500   -0.18565700   -1.55011700
    
95. H                  3.87609600   -2.23460200   -2.45753400
    
96. H                  0.37991600   -2.96069300   -4.86061800
    
97. H                  2.65346700   -3.64143300   -4.11183800
    
98. 
    
99. 1 2 1.0 8 1.0 14 1.0
    
100. 2 3 1.5 7 1.5
     
101. 3 4 1.5
     
102. 4 5 1.5 33 1.0
     
103. 5 6 1.5
     
104. 6 7 1.5 59 1.0
     
105. 7
     
106. 8 9 1.5 13 1.5
     
107. 9 10 1.5 60 1.0
     
108. 10 11 1.5 61 1.0
     
109. 11 12 1.5 62 1.0
     
110. 12 13 1.5 63 1.0
     
111. 13 15 1.0
     
112. 14 15 1.5 19 1.5
     
113. 15 16 1.5
     
114. 16 17 2.0 64 1.0
     
115. 17 18 1.5 65 1.0
     
116. 18 19 1.5 20 1.5
     
117. 19 26 1.0
     
118. 20 21 1.5 25 1.5
     
119. 21 22 1.5 66 1.0
     
120. 22 23 1.5 67 1.0
     
121. 23 24 1.5 68 1.0
     
122. 24 25 1.5 69 1.0
     
123. 25 26 1.0
     
124. 26 27 1.0
     
125. 27 28 1.5 29 1.5
     
126. 28 32 1.5 70 1.0
     
127. 29 30 1.5 71 1.0
     
128. 30 31 1.5 72 1.0
     
129. 31 32 1.5 73 1.0
     
130. 32 74 1.0
     
131. 33 34 1.0 41 1.0
     
132. 34 35 1.5 39 1.5
     
133. 35 36 1.5 75 1.0
     
134. 36 37 1.5 76 1.0
     
135. 37 38 1.5 77 1.0
     
136. 38 39 1.5 78 1.0
     
137. 39 40 1.0
     
138. 40 41 1.5 42 1.5
     
139. 41 45 1.5
     
140. 42 43 2.0 79 1.0
     
141. 43 44 1.5 80 1.0
     
142. 44 45 1.5 47 1.5
     
143. 45 46 1.0
     
144. 46 48 1.0 53 1.0
     
145. 47 48 1.5 49 1.5
     
146. 48 52 1.5
     
147. 49 50 1.5 81 1.0
     
148. 50 51 1.5 82 1.0
     
149. 51 52 1.5 83 1.0
     
150. 52 84 1.0
     
151. 53 54 1.5 55 1.5
     
152. 54 57 1.5 85 1.0
     
153. 55 56 1.5 86 1.0
     
154. 56 58 1.5 87 1.0
     
155. 57 58 1.5 88 1.0
     
156. 58 89 1.0
     
157. 59
     
158. 60
     
159. 61
     
160. 62
     
161. 63
     
162. 64
     
163. 65
     
164. 66
     
165. 67
     
166. 68
     
167. 69
     
168. 70
     
169. 71
     
170. 72
     
171. 73
     
172. 74
     
173. 75
     
174. 76
     
175. 77
     
176. 78
     
177. 79
     
178. 80
     
179. 81
     
180. 82
     
181. 83
     
182. 84
     
183. 85
     
184. 86
     
185. 87
     
186. 88
     
187. 89
     

复制代码

输出文件最后停在了这个位置：

1. Excitation energies and oscillator strengths:
   
2. 
   
3. Excited State   1:      Triplet-A      2.7922 eV  444.03 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
   
4.      190 -> 195        0.29339
   
5.      190 -> 196        0.28989
   
6.      191 -> 194        0.42238
   
7.      191 -> 197       -0.22448
   
8.      193 -> 194       -0.12160
   
9. This state for optimization and/or second-order correction.
   
10. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -2345.85856332   
    
11. Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
    
12. Erroneous read. Read -1 instead of 8.
    
13. fd = 4
    
14. g_read

复制代码

运行了两天左右，这是输出文件里第一次出现Excitation energies and oscillator strengths。
任务调度程序的日志是这样的：

1. Erroneous read. Read -1 instead of 8.
   
2. fd = 4
   
3. g_read: Input/output error
   
4. Error: segmentation violation
   
5.    rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   
6.    rdx 0000000000007aba, rsp 00007fff54d26c58, rbp 0000000000000008
   
7.    rsi 000000000000000b, rdi 0000000000007aba, r8  0000000000000000
   
8.    r9  00002ad5b4922e10, r10 ffffffffffffffff, r11 0000000000000202
   
9.    r12 0000000000000004, r13 0000000000000008, r14 00007fff54d26ef8
   
10.    r15 000000007d000000
    
11.   --- traceback not available

复制代码

这个问题要怎么解决？

小范范1989

我记得sob说过，优化三重态，不用非要使用triplet  0  1的方式。
最好的方式就是#p opt b3lyp/6-31g   电荷为0  自旋多重多为3
不知道我记得对否？还请高手指点一二。

sobereva

如2L所言，如果目的是优化T1，直接用0 3计算就行了，计算量、对资源的要求小得多得多。基组建议6-311G*
就算非要用TDDFT来优化T1，nstates设得也太多了，浪费时间。默认的nstates=3就够了。

至于出错原因，是因为读写临时文件出错。通常是硬盘空间不够之类的，或者达到了给你分配的磁盘配额上限。

去离子水

小范范1989 发表于 2015-4-3 12:00
我记得sob说过，优化三重态，不用非要使用triplet  0  1的方式。
最好的方式就是#p opt b3lyp/6-31g   电 ...

T1和S1都需要优化。
如果S1用TD，T1用“#p opt b3lyp/6-31g   电荷为0  自旋多重多为3”，误差会大一些。

去离子水

sobereva 发表于 2015-4-3 17:04
如2L所言，如果目的是优化T1，直接用0 3计算就行了，计算量、对资源的要求小得多得多。基组建议6-311G*
就 ...

谢谢。