求助：计算Cr2O3吸附有机物分子时，分子发生严重变形

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-6 10:54:22

请教各位老师，本人在使用cp2k计算Cr2O3（001）面吸附有机物分子时，结构优化过程中，有机分子已经发生了严重的变形，想请问是否是参数设定有问题，附上inp和out文件，请老师们指教。

pal · 发表于 Post on 2023-7-6 11:16:34

盲猜没用周期性结构

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-6 13:59:20

pal 发表于 2023-7-6 11:16
盲猜没用周期性结构

谢谢回答，因为我这个体系是slab表面，所以使用的是XY周期性，不知道会不会用影响呢

pal · 发表于 Post on 2023-7-6 14:51:15

时光的邂逅发表于 2023-7-6 13:59
谢谢回答，因为我这个体系是slab表面，所以使用的是XY周期性，不知道会不会用影响呢

那是不是分子离表面太近，分子O和Cr的距离和Cr跟slab的O的距离差不多，还有就是有机分子是优化过的么

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-6 16:59:31

pal 发表于 2023-7-6 14:51
那是不是分子离表面太近，分子O和Cr的距离和Cr跟slab的O的距离差不多，还有就是有机分子是优化过的么

1.这个距离大概多近合适呢
2.有机分子已经优化过了

pal · 发表于 Post on 2023-7-6 17:18:51

时光的邂逅发表于 2023-7-6 16:59
1.这个距离大概多近合适呢
2.有机分子已经优化过了

稍微拉远一点，而且这个有机分子看起来有很多可能的吸附构型，另外Cr2O3的表面是Cr在外面，还是氧在外面，又或是氧在外面氢化了呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-6 17:24:43

pal 发表于 2023-7-6 10:18
稍微拉远一点，而且这个有机分子看起来有很多可能的吸附构型，另外Cr2O3的表面是Cr在外面，还是氧在外面 ...

显然不可能是Cr在外面，Cr的配位数比O多，因此Cr比O更不可能暴露在外面。我估计这个是导致分子变形的主要原因，建议查清楚Cr2O3的表面长什么样，哪个晶面最稳定，再算，搞不好表面一般不是clean surface而是一层羟基都有可能

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-6 21:23:16

wzkchem5 发表于 2023-7-6 17:24
显然不可能是Cr在外面，Cr的配位数比O多，因此Cr比O更不可能暴露在外面。我估计这个是导致分子变形的主要 ...

老师，我也算过O面在最外层的，有机分子也变形了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-6 22:49:22

时光的邂逅发表于 2023-7-6 14:23
老师，我也算过O面在最外层的，有机分子也变形了

所以我说了，把最外面的原子的种类搞对还不够，晶面也得对，表面吸附物种也得对，如果实际体系不是clean surface，你当clean surface算，就会发现这个表面的化学性质极其活泼，随便放一个分子上去都给你撕裂得不成样子

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-7 10:43:26

smearing用那么高温度完全莫名其妙

用PSOLVER MT时，当前盒子Z方向尺寸明显不够大

如果你要研究低覆盖度的情况，slab的尺寸明显太小，被吸附分子与其镜像的相互作用都很显著

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-7 19:21:13

wzkchem5 发表于 2023-7-6 22:49
所以我说了，把最外面的原子的种类搞对还不够，晶面也得对，表面吸附物种也得对，如果实际体系不是clean ...

谢谢老师，我试试哈

时光的邂逅 · 发表于 Post on 2023-7-7 19:25:05

sobereva 发表于 2023-7-7 10:43
smearing用那么高温度完全莫名其妙

用PSOLVER MT时，当前盒子Z方向尺寸明显不够大

谢谢老师的回答
1.smearing那个当时设定300K的时候，一直不收敛，所以就增加了smearing
2.，一般使用PSOLVER MT时，Z方向尺寸多少合适呢
3.这个情况没考虑，可能还得加大盒子的尺寸

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-8 09:33:05

时光的邂逅发表于 2023-7-7 19:25
谢谢老师的回答
1.smearing那个当时设定300K的时候，一直不收敛，所以就增加了smearing
2.，一般使用PS ...

1 盲目增加温度根本不是正确做法，乱用过高的温度会明显恶化结果
该怎么合理解决看
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

2 电子密度有明显分布跨度的至少两倍。你用Multiwfn直接产生二维周期性的输入文件，自动就给你设合适，根本不需要自己设

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