关于在VMD中利用脚本输出一定范围内原子的成键信息

ruanyang · 发表于 Post on 2015-4-3 08:33:54

本人自己编写了一个简单的tcl脚本用于判断选中原子是否成键，但是在运行时出现错误：invalid bareword "get"
in expression "(sqrt(($i _@_get x-$j get x)*($i ge...";
should be "$get" or "{get}" or "get(...)" or ...
我自己修改的一段时间问题没有解决！特此发帖请各位高手帮帮忙！！！！谢谢大家了

mol load gro cntsol_md.gro
set outfile [open ruanyang.dat w]
set a [atomselect top "resname gri and y > 25.389998"]
puts $outfile [$a get resid]
close $outfile
set list_1 {}
set list_2 {}
foreach {i j} {open ruanyang.dat r} {
set x1 {$i get x}
set y1 {$i get y}
set z1 {$i get z}
set x2 {$j get x}
set y2 {$j get y}
set z2 {$j get z}
set list_1 [expr (sqrt(($x1-$x2)*($x1-$x2)+($y1-$y2)*($y1-$y2)+($z1-$z2)*($z1-$z2)))]
if {$list_1 < = 1.42 && $list_1 > 1.40} {
lappend list_1 $i $j
} else {
lappend list_2 $list_1
}
}
mol top delete

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2015-4-3 17:08:42

暂时太忙没时间仔细看，貌似set x1 {$i get x}应该为set x1 [$i get x]

ruanyang · 发表于 Post on 2015-4-3 18:12:15

谢谢Sob老师的回帖，问题解决的差不多了！你说的那个地方是有错误！等我改好了，把正确的脚本传上来！给大家做个参考

Sob老师的量化培训班一定会很精彩的

ruanyang · 发表于 Post on 2015-4-4 14:28:30

已顺利解决这个问题，其实这个脚本不仅可以得到键的信息，也可以得到角，二面角的信息!(只要进行适当的修改）。这个是第一次写TCL脚本，其中有不少不足的地方！（特别是在数学计算的地方，可以利用向量的计算代替，可以提高计算效率）！希望有懂TCL的坛友们，将这个脚本进行完善！谢谢

ruanyang · 发表于 Post on 2015-4-4 14:29:09

mol load gro xxx.gro
set a [atomselect top "resname gri and y > distance"]
set resnb [$a get resid]
set xyz [$a get {x y z} ]
set b {}
set d {}
set out_in [open bond.txt w]
set out_ry [open bond_out.txt w]
foreach i $resnb {
foreach j $resnb {
if $j>$i {
set x1 [[atomselect top "resid $i"] get x]
set y1 [[atomselect top "resid $i"] get y]
set z1 [[atomselect top "resid $i"] get z]
set x2 [[atomselect top "resid $j"] get x]
set y2 [[atomselect top "resid $j"] get y]
set z2 [[atomselect top "resid $j"] get z]
set r [expr {sqrt(($x1-$x2)*($x1-$x2)+($y1-$y2)*($y1-$y2)+($z1-$z2)*($z1-$z2))}]
if {$r < 1.43&&$r > 1.40} {
lappend b "$i $j $r \n"
} else {
lappend d "$i $j \n"
}
}
}
}
puts $out_in $b
puts $out_ry $d
close $out_in
close $out_ry
mol delete top

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