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[新手求助] 同种单分子通过不同堆积方式形成的两种晶体,一个发强荧光,一个弱荧光,如何计算原因

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同一种单分子通过不同堆积方式形成的两种晶体,一个发强荧光,一个发弱荧光,能否通过高斯计算原因?高斯可以算堆积分子么?单晶物质荧光发射的强弱怎么计算?若是从直接带隙间接带隙入手的话是不是得用VASP计算能带结构才可以?有百度到说高斯里用TD-DFT-TB(TD DFT-based tight-binding)可算团簇的光学带隙(optical gap),和我这个问题有关嘛?还有就是怎么计算单晶的发射啊?真的是一头雾水。。。。有没有大神来指点一二,万分感谢啊!!

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发表于 Post on 2016-9-22 01:20:43 | 只看该作者 Only view this author
百度上的信息净胡说八道。学术问题不要用百度,否则必被坑
Gaussian支持DFTB,但没有所谓的TD-DFT-TB一说。Gaussian能做TDDFT,算荧光看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
可尝试截取团簇模型,通过计算荧光的振子强度说明强弱原因。

吸收或荧光的强弱跟激发能、发射能没直接关系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-9-22 07:48:58 | 只看该作者 Only view this author
我感觉,可以用QMMM的方式来做。你这个发弱荧光的,是不是分子的平面性比较好,是分子间的π-π堆积?
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-22 22:29:58 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2016-9-22 07:48
我感觉,可以用QMMM的方式来做。你这个发弱荧光的,是不是分子的平面性比较好,是分子间的π-π堆积?

恩恩,是说pi-pi堆积导致的荧光淬灭,这个可以算么?发强弱荧光的两种晶体单分子结构是一样的,堆积方式不同,所以我在想是不是需要算两种不同晶体的一些什么性质,比如说带隙?但据我所知,高斯不能算单晶,师兄说的这个QMMM gaussian09可以算么?我大概查了一下这个方法是不是一般算蛋白质大分子的?

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发表于 Post on 2016-9-23 00:33:17 | 只看该作者 Only view this author
讨论一下,我没做过团簇计算,仅提供下个人看法,不一定对。这两种晶体的荧光波长大概相同吗?你有没有它们的x-ray晶体结构?如果你确定是self-quenching的话,我觉得从晶体中取出几个分子算一下tddft,比较一下两种晶体的electron transfer 态和local excited 态的振子强度差不多就说明问题了...

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发表于 Post on 2016-9-23 10:19:42 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-9-22 22:29
恩恩,是说pi-pi堆积导致的荧光淬灭,这个可以算么?发强弱荧光的两种晶体单分子结构是一样的,堆积方式 ...


荧光强弱跟带隙无关,这仅仅是能量差,衡量荧光强度的是振子强度,我上面的回复和博文里说了。

迫不得已甭进QMMM的坑,直接算大团簇搞不动就用混合基组足够解决问题。

Gaussian支持ONIOM,能以特殊方式等效实现QMMM

QMMM用处不仅限于生物分子,只不过在这场合用处比较大

Gaussian能算晶体,但对三维周期性慢到爆,没实用性,而且算周期性时也算不了激发态。所以你若用量化程序,让你截取团簇来算。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-24 16:02:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-23 10:19
荧光强弱跟带隙无关,这仅仅是能量差,衡量荧光强度的是振子强度,我上面的回复和博文里说了。

迫不 ...

恩恩,明白了老师。谢谢sob老师的耐心解答~老板只是说两种晶体一个直接带隙,一个间接带隙,我的理解是直接带隙电子跃迁更容易,发光更强一些,所以想说用VASP算晶体的能带结构,判断直接带隙间接带隙,,还有老师,还是不太明白截取团簇分子来算是什么意思?是按晶体中显示的单分子排列方式来摆分子结构?输入文件中需要什么特别关键词的设置么?方法还用tddft可以么?基组怎么选择呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-24 16:16:42 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2016-9-23 00:33
讨论一下,我没做过团簇计算,仅提供下个人看法,不一定对。这两种晶体的荧光波长大概相同吗?你有没有它们 ...

荧光波长相差不是很多,晶体结构是有的,两种晶体中的单分子是相同的,只是堆积方式不同,请问要怎么从晶体中取分子来算呢?我现在已经用tddft算了这个单分子的electron transfer 态和local excited 态的振子强度

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发表于 Post on 2016-9-24 19:36:24 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2016-9-24 16:02
恩恩,明白了老师。谢谢sob老师的耐心解答~老板只是说两种晶体一个直接带隙,一个间接带隙,我的理解是直 ...

把素晶胞适当平移复制成复晶胞,去掉周期性,删掉多余分子,得到一个分子团簇。论坛里分子团簇讨论太多了,一搜一堆。
量化程序算周期性很不适合,所以量化程序对于周期性问题大多都是用团簇模型当孤立体系来算。
TDDFT可以
基组选择看
乱谈激发态的计算方法
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发表于 Post on 2018-3-7 15:56:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-23 10:19
荧光强弱跟带隙无关,这仅仅是能量差,衡量荧光强度的是振子强度,我上面的回复和博文里说了。

迫不 ...

社长大大,请问有没有软件可以算周期性体系的激发态?还有dalton程序算荧光与高斯算荧光相比,这两个程序的各自优势是什么?谢谢社长大大解答

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发表于 Post on 2018-3-7 17:39:53 | 只看该作者 Only view this author
zhongyuabc 发表于 2018-3-7 15:56
社长大大,请问有没有软件可以算周期性体系的激发态?还有dalton程序算荧光与高斯算荧光相比,这两个程序 ...

CASTEP可以
算荧光就用高斯就完了,Dalton唯一优势也就是免费了,图免费还不如用ORCA
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sobereva 发表于 2018-3-7 17:39
CASTEP可以
算荧光就用高斯就完了,Dalton唯一优势也就是免费了,图免费还不如用ORCA

谢谢社长大大,既然castep可以算周期性激发态,那是否可以用castep得到荧光发射光谱和发射机理呢?

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发表于 Post on 2018-3-8 16:22:12 | 只看该作者 Only view this author
zhongyuabc 发表于 2018-3-8 09:32
谢谢社长大大,既然castep可以算周期性激发态,那是否可以用castep得到荧光发射光谱和发射机理呢?

应该可以。
周期性的激发态这块我关注不多,更具体的你可以问第一性原理版的卡开发发
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发表于 Post on 2018-3-8 19:10:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-8 16:22
应该可以。
周期性的激发态这块我关注不多,更具体的你可以问第一性原理版的卡开发发

好的,谢谢社长

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