建立硝酸铕六水合物的显式溶剂模型的问题

halouhapily · 发表于 Post on 2022-9-1 10:36:56

各位老师好，
我的目的是为了建立硝酸铕六水合物的显式溶剂模型（乙醇）
我利用genmer构建了一个200个乙醇分子的分子团簇（如附件所示）
1、目前设置200个乙醇分子的rmax为20埃，我需要进一步减少rmax的必要吗？
2、对于我这个体系，我是采用MOPAC直接优化的好（http://sobereva.com/406），还是用xtb跑动力学的好（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）？
3、如果使用xtb需要加隐式溶剂模型吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-1 11:18:27

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “显式溶剂模型的建立” 改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-1 12:12:07

rmax可以设小点，加的数目也设小点，能大幅节约时间
让molclus调用xtb在GFN-xTB级别下优化。
由于当前溶剂层已经很厚了，优化时加不加隐式溶剂模型无所谓。

halouhapily · 发表于 Post on 2022-9-1 16:44:59

sobereva 发表于 2022-9-1 12:12
rmax可以设小点，加的数目也设小点，能大幅节约时间
让molclus调用xtb在GFN-xTB级别下优化。
由于当前溶 ...

感谢社长的回复，
“让molclus调用xtb在GFN-xTB级别下优化。”那在优化之前还需要跑动力学吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-2 07:37:57

halouhapily 发表于 2022-9-1 16:44
感谢社长的回复，
“让molclus调用xtb在GFN-xTB级别下优化。”那在优化之前还需要跑动力学吗

不用

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Molclus] 建立硝酸铕六水合物的显式溶剂模型的问题

浏览过的版块