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[综合交流] 关于用G09中用SMD隐式溶剂模型计算体系400K下的自由能的具体计算过程

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已读sob老师的博文: 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

http://sobereva.com/327
根据我的理解,记下如下流程备忘


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发表于 Post on 2018-3-7 19:27:45 | 只看该作者 Only view this author
dovacuum是完全多余的,我博文里也没说过要这么做
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 19:31:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 19:27
dovacuum是完全多余的,我博文里也没说过要这么做

惭愧啊,画蛇添足了,已改正去掉
如果加了dovacuum会有不利的影响吗,还是加了也白加,一点用都没有?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 19:33:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一声叹息010 于 2018-3-7 20:22 编辑

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发表于 Post on 2018-3-7 20:45:51 | 只看该作者 Only view this author
一声叹息010 发表于 2018-3-7 19:31
惭愧啊,画蛇添足了,已改正去掉
如果加了dovacuum会有不利的影响吗,还是加了也白加,一点用都没 ...


白写,不影响结果,也没意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-9 08:31:42 | 只看该作者 Only view this author
计算液相下的自由能直接opt freq tem=400,得到稳定结构和过渡态结构的自由能之后做差不就可以了吗?还需要计算溶解自由能吗?

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发表于 Post on 2018-3-9 09:23:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 20:45
白写,不影响结果,也没意义

如果发生在液相下的反应,结果要优化其在气相下的过渡态结构,是不是偏离比较大?能不能在此处的优化上发生误差呢?老师

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发表于 Post on 2018-3-9 09:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 20:45
白写,不影响结果,也没意义

老师,我看楼主在利用freqchk的时候并没有用一系列的频率校正因子,如果想要得到精确的△G是不是应该按照您的博文说的那样,查找所用方法对应的熵、焓等矫正因子下计算相应的热力学校正量之后,再获得这个自由能修正量呢?

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发表于 Post on 2018-3-9 14:45:28 | 只看该作者 Only view this author
杨小狗 发表于 2018-3-9 09:23
如果发生在液相下的反应,结果要优化其在气相下的过渡态结构,是不是偏离比较大?能不能在此处的优化上发 ...

有的体系,特别是局部带显著电荷的,溶剂效应对结构影响不可忽略,甚至至关重要
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发表于 Post on 2018-3-9 14:46:39 | 只看该作者 Only view this author
杨小狗 发表于 2018-3-9 09:42
老师,我看楼主在利用freqchk的时候并没有用一系列的频率校正因子,如果想要得到精确的△G是不是应该按照 ...


如果讲究一些,而且泛函的HF成分较高的话,算气相热力学量时应当考虑频率校正因子。如果算气相自由能时懒得分别考虑三个频率校正因子,至少把ZPE校正因子考虑上(虽说对最终结果来看,是否考虑频率校正因子对多数情况影响不大)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 20:22:16 | 只看该作者 Only view this author
杨小狗 发表于 2018-3-9 09:23
如果发生在液相下的反应,结果要优化其在气相下的过渡态结构,是不是偏离比较大?能不能在此处的优化上发 ...

这个问题在本帖最开始贴出的sob老师的博文里已经讨论过了,你先去看看博文吧。之余校正因子,那都是小事,freqchk里直接加就好了,由于图片只是举例子,都是用的最默认、最简洁的命令,吧温度和校正因子写到优化时的命令行里,其实没啥意思,一个调用freqchk的小脚本可批量输出任意多组不同温度、压强、校正因子下的热力学校正。

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发表于 Post on 2018-3-13 10:23:31 | 只看该作者 Only view this author
一声叹息010 发表于 2018-3-11 20:22
这个问题在本帖最开始贴出的sob老师的博文里已经讨论过了,你先去看看博文吧。之余校正因子,那都是小事 ...

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