计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13284|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 用gmx msd 输出均方根位移出现了错误

[复制链接 Copy URL]

1

帖子

0

威望

37

eV
积分
38

Level 2 能力者

当我用gromacs模拟离子液体(采用的是OPLSAA力场)的扩散系数时出现了图中扩散系数并没有随温度增加而迅速增加的问题,
更改力场后采用Amber力场来模拟的时候发现在开始的时间出现了瞬间升高的情况。

所以我想请教两个问题,一个是用gromacs 计算扩散系数是否有问题,师姐用Lammps在相同条件下计算的结果如图


二是可能是什么原因导致的这种结果,nvt.mdp文件在附件中,谢谢。

nvt1.mdp

1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

nvt文件

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120151

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-3-16 01:58:16 | 只看该作者 Only view this author
gmx的msd曲线没有任何问题
计算msd之前先确认体系已经跑平衡了(统计性质要对产生相做)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 03:04 , Processed in 0.170096 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list