利用antechamber+Gaussian得到包含RESP电荷的prmtop文件问题

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-15 18:53:45

我在利用antechamber+Gaussian，创建包含有机小分子RESP电荷的prmtop文件遇到如下问题。我采用了两种不同的方法，有些疑问，希望得到老师的回复。
（1）方法一：我利用Gaussview创建一个有机小分子（苯分子），保存为Gaussian输入文件，关键词为：#p hf/6-31g(d) pop=mk iop(6/33=2,6/41=10,6/42=17)
得到了log文件（文件名为test.log），然后利用antechamber -i test.log -fi gout -o test.mol2 -fo mol2 -c resp得到了mol2文件，然后利用tleap进行处理得到prmtop文件；
（2）方法二（参考Multiwfn培训班中计算RESP电荷）：利用Gaussview建模并保存为mol2格式文件，然后antechamber -i test.mol2 -fi mol2 -o test.gjf -fo gcrt，出现如下报错：
Welcome to antechamber 17.3: molecular input file processor.

acdoctor mode is on: check and diagnosis problems in the input file.
-- Check Format for mol2 File --
Status: pass

Warning: Unknown bond type for bond (C1-C2:Ar).
      Assuming it is a single bond.

Warning: Unknown bond type for bond (C1-C6:Ar).
      Assuming it is a single bond.

Warning: Unknown bond type for bond (C2-C3:Ar).
      Assuming it is a single bond.

Warning: Unknown bond type for bond (C3-C4:Ar).
      Assuming it is a single bond.

Warning: Unknown bond type for bond (C4-C5:Ar).
      Assuming it is a single bond.

Warning: Unknown bond type for bond (C5-C6:Ar).
      Assuming it is a single bond.
-- Check Unusual Elements --
Status: pass
-- Check Open Valences --
Status: pass
-- Check Geometry --
   for those bonded
   for those not bonded
Status: pass
-- Check Weird Bonds --
/home/taipinghu/amber16/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Weird atomic valence (3) for atom (ID: 1, Name: C1).
   Possible open valence.

我尝试将mol2中的链接关系从Ar改为am，仍然报错。但如果我此处采用的是pdb格式文件，就能正常得到Gaussian输入文件，关键词部分为：
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt

管理员2019-May-15注：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-16 02:34:54

gview产生的mol2文件里的芳环上的原子的BOND段落的名称不符合mol2格式规范，把Ar改成ar再试（AmberTools17开始对这个有明确要求）

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-16 08:20:16

sobereva 发表于 2018-3-16 02:34
gview产生的mol2文件里的芳环上的原子的BOND段落的名称不符合mol2格式规范，把Ar改成ar再试（AmberTools17 ...

对的，把Ar改成ar以后就行了。
我也怀疑是这个的问题，不过当时MS里用的是am，所以就尝试改Ar为am，但仍然失败了。

请教sob老师，我按照方法一中的步骤做，有问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-16 08:25:54

对比结果便知

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-16 20:43:04

sobereva 发表于 2018-3-16 08:25
对比结果便知

sob老师您好，我利用两种不同的方法计算得到的RESP电荷在小数点后第三位有差别，这影响大吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-17 02:45:32

让你变成回忆发表于 2018-3-16 20:43
sob老师您好，我利用两种不同的方法计算得到的RESP电荷在小数点后第三位有差别，这影响大吗？

没影响

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2018-3-17 08:33:40

sobereva 发表于 2018-3-17 02:45
没影响

好的。谢谢sob~~

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[Amber] 利用antechamber+Gaussian得到包含RESP电荷的prmtop文件问题

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