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[GROMACS] 在GMX中如何对体系的不同部分设置不同的模拟环境

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楼主
老师,我在使用GMX重复布洛芬与人血白蛋白位点 lI动态结合过程的分子模拟遇到以下几点不太理解的地方,希望能够得到解答,谢谢


问题:作者在模拟的时候,在前15ns为50个布洛芬分子和血红蛋白的完整体系进行模拟,后35ns集中于位点II结合的布洛芬分子模拟,请问如何能够做到集中对于某一位点进行模拟呢?还有就是这个模拟是分两次进行模拟的吗?一次是15ns,一次是35ns?

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发表于 Post on 2020-2-29 03:54:08 | 只看该作者 Only view this author
看一下论文

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公社社长

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发表于 Post on 2020-2-29 07:02:03 | 只看该作者 Only view this author
没有更具体信息,不好说作者有什么意图
反复阅读文章,实在搞不明白可以发邮件问通讯作者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 19:22:07 | 只看该作者 Only view this author

嗯嗯,谢谢,我先试着联系下那位作者,要是无法解决,再来麻烦您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 19:22:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-29 07:02
没有更具体信息,不好说作者有什么意图
反复阅读文章,实在搞不明白可以发邮件问通讯作者

嗯嗯,谢谢社长,我发邮件问下作者

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发表于 Post on 2020-2-29 20:47:25 | 只看该作者 Only view this author
我想看下论文才能明白你说的问题,你告诉我一下论文题目或者doi。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-29 21:24:42 | 只看该作者 Only view this author
puzhongji 发表于 2020-2-29 20:47
我想看下论文才能明白你说的问题,你告诉我一下论文题目或者doi。

太谢谢您了,这个是原文https://wenku.baidu.com/view/34b ... 08763230127446.html

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