Amber+Gaussian模拟问题

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-3-26 10:25:14

老师好，我做的是离子液体催化CO2与环氧丙烷的环加成反应机理，原本只是做简单的单分子或双分子催化,动力学跟优化构型也是分开做的。导师想让我进行Amber+Gaussian的QM MM/MD模拟，动力学模拟之后直接用Gaussian进行构型优化，就是一次搞定。但是我只能进行纯离子液体的动力学模拟（跑出来构型也不好，本该平面的构型都扭曲了），中间QM层一旦放上过渡态，就做不动进行不了。也不知道是哪里的问题，想问下老师，这种QM MM/MD模拟能进行QM层过渡态的计算吗？（所查到的文献基本都是使用这种方法计算蛋白质分子的只是构型优化，并不涉及过渡态的计算）

agent99 · 发表于 Post on 2018-3-27 02:41:53

QM/MM-MD找过渡态不是像高斯一样opt=ts然后优化到一个静态的结构，而是要定义反应坐标（断键和生成键的键长）然后沿着反应坐标扫出自由能曲线，从中找到过渡态及能垒，常用的方法有umbrella sampling, metadynamics, ABF等

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-27 07:24:26

既然提MD，就没有TS的概念。一般说的TS是势能面的一阶鞍点，提这个概念的时候就假定不考虑核的热运动问题，因此和MD从逻辑上就是不兼容的。
如果是指自由能面层面的鞍点定义的过渡态，就是2L的做法

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-3-27 12:16:56

agent99 发表于 2018-3-27 02:41
QM/MM-MD找过渡态不是像高斯一样opt=ts然后优化到一个静态的结构，而是要定义反应坐标（断键和生成键的键长 ...

明白了,谢谢你

16whzhengdn · 发表于 Post on 2018-3-27 12:17:24

sobereva 发表于 2018-3-27 07:24
既然提MD，就没有TS的概念。一般说的TS是势能面的一阶鞍点，提这个概念的时候就假定不考虑核的热运动问题， ...

非常感谢

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[综合交流] Amber+Gaussian模拟问题

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