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[GROMACS] 如何计算蛋白质周围一定范围内的某一离子的数量变化

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各位老师,我看文献中发现经常有显示距离蛋白质多少范围内,某一离子或者物质的数目变化的图,想知道通过什么命令可以得到这样的图或者数据呢?这里在确定距离(范围)时有什么依据吗?

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发表于 Post on 2024-7-30 05:49:45 | 只看该作者 Only view this author
自己写VMD tcl脚本,循环每一帧,选择语句里用within选择距离蛋白内特定物质的原子并输出数目,参考下文
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html


参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里讲VMD tcl脚本编写的一个简单例子

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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 09:27:35 | 只看该作者 Only view this author
感谢感谢

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