计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11956|回复 Reply: 24
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] RDG分析中屏蔽多个片段的分子内相互作用等值面

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

sob老师好,根据手册4.13.4.2 Screen isosurfaces outsideoverlap region of two fragments

已经可以做出效果很好的两片段的图片,但是如果计算体系超过两个片段,请问有什么办法可以自定义片段数吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-3-9 14:34:19 | 只看该作者 Only view this author
比如计算ABC三聚体,每个单体内部都有分子内弱相互作用想屏蔽,那你就依次处理A-B、B-C、A-C即可,总共处理三次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-10 02:12:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-9 14:34
比如计算ABC三聚体,每个单体内部都有分子内弱相互作用想屏蔽,那你就依次处理A-B、B-C、A-C即可,总共处理 ...

谢谢老师,试了一下确实是可以实现的,但是我发现当多体之间相互作用较为复杂的时候,如果给的vdW倍数太小了,显示的等值面会不完全,如果调大了倍数值,那么有可能会把邻近的分子的分子内相互作用又显示出来

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-3-10 02:38:53 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-3-10 02:12
谢谢老师,试了一下确实是可以实现的,但是我发现当多体之间相互作用较为复杂的时候,如果给的vdW倍数太 ...


IGM方法可以很好地解决这个问题,在目前的Multiwfn里已经有这个功能了,过些天会发布个帖子专门说怎么用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-10 07:57:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-10 02:38
IGM方法可以很好地解决这个问题,在目前的Multiwfn里已经有这个功能了,过些天会发布个帖子专门说怎么 ...

嗯嗯,谢谢老师,过年的时候就在关注您IGM的那篇文章了,很激动,3.5出了以后也赶快去下载了,本来还想自己摸索一下,但是发现100-1里面确实是多了一些新功能,横坐标我能理解,应该还是和原来的NCI一致,但是纵坐标好像没有直接导出IGM函数的选项,我就想可能是要有一些处理。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-3-10 16:20:16 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-3-10 07:57
嗯嗯,谢谢老师,过年的时候就在关注您IGM的那篇文章了,很激动,3.5出了以后也赶快去下载了,本来还想自 ...

IGM通过新增加的主功能20使用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 09:13:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-10 16:20
IGM通过新增加的主功能20使用

谢谢老师,我去试试

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 02:54:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-10 16:20
IGM通过新增加的主功能20使用

sob老师好,功能20非常强大,我通过以下步骤:

20       // visual study of weak interaction
10      // IGM analysis boased on promolecular density
2       // 2 fragments in the system
1-15  // The atoms in first fragment in the system is labeled as 1 to 15
16-45 // The atoms in second fragment in the system is labeled as 16 to 45
7      // set the midpoint of two atoms as center
12,28     // set atoms of 12 and 18
300,300,100    // the number of points in x,y,z direction
10,10,6           // extend distance in x,y,z direction
3            // output cube files

我已经得到了sl2r.cub和dg_inter.cub的格点文件,现在想要像分析RDG那样将sl2r.cub以不同的颜色投影到dg-inter上,我修改了您之前给的看RDG的vmd读取文件:

mol new sl2r.cub
mol addfile dg_inter.cub
mol delrep 0 top
mol representation CPK 1.0 0.3 18.0 16.0
mol addrep top
mol representation Isosurface 0.50000 1 0 0 1 1
mol color Volume 0
mol addrep top
mol scaleminmax top 1 -0.03 0.02
color scale method BGR

但是没有得到等值面,我又试着观看了intra和dg的cub,会看到很细小的圆盘状等值面出现在化学键的位置,不知道是什么地方出了问题

最后附上我的坐标pdb文件:

COMPND    monolayer-cis-2pair-4-opt-12.78x14.76-AIM-1
COMPND   1Created by VESTA
HETATM    1 C165                12.444  23.818   9.576  1.00  0.01           C
HETATM    2 C166                 8.458  21.899  10.184  1.00  0.01           C
HETATM    3 N4                  10.293  22.879   8.362  1.00  0.01           N
HETATM    4 S3                  11.778  22.358   8.599  1.00  0.01           S
HETATM    5 S4                   8.992  21.977   8.375  1.00  0.01           S
HETATM    6 F7                  13.740  23.558   9.904  1.00  0.01           F
HETATM    7 F8                  11.748  24.011  10.719  1.00  0.01           F
HETATM    8 F9                   9.363  21.252  10.951  1.00  0.01           F
HETATM    9 F10                  8.272  23.140  10.695  1.00  0.01           F
HETATM   10 F11                  7.273  21.227  10.275  1.00  0.01           F
HETATM   11 F12                 12.418  24.964   8.852  1.00  0.01           F
HETATM   12 O5                  12.553  22.362   7.377  1.00  0.01           O
HETATM   13 O6                  11.931  21.231   9.500  1.00  0.01           O
HETATM   14 O7                   9.195  20.586   8.020  1.00  0.01           O
HETATM   15 O8                   7.921  22.711   7.744  1.00  0.01           O
HETATM   16 C156                16.903  22.388   8.007  1.00  0.01           C
HETATM   17 C157                15.716  21.431   7.936  1.00  0.01           C
HETATM   18 C158                16.333  20.049   7.611  1.00  0.01           C
HETATM   19 C159                17.837  20.280   7.519  1.00  0.01           C
HETATM   20 C160                18.064  21.110   9.801  1.00  0.01           C
HETATM   21 C161                19.419  22.163   7.993  1.00  0.01           C
HETATM   22 C162                19.584  23.636   8.340  1.00  0.01           C
HETATM   23 C163                19.506  24.049   9.812  1.00  0.01           C
HETATM   24 C164                20.062  25.452  10.028  1.00  0.01           C
HETATM   25 H21                 17.129  22.824   7.024  1.00  0.01           H
HETATM   26 H22                 16.807  23.196   8.740  1.00  0.01           H
HETATM   27 H23                 14.996  21.769   7.182  1.00  0.01           H
HETATM   28 H24                 15.169  21.408   8.887  1.00  0.01           H
HETATM   29 H25                 16.106  19.306   8.384  1.00  0.01           H
HETATM   30 H26                 15.967  19.642   6.663  1.00  0.01           H
HETATM   31 H27                 18.464  19.459   7.880  1.00  0.01           H
HETATM   32 H28                 18.145  20.544   6.503  1.00  0.01           H
HETATM   33 H29                 18.900  20.424   9.976  1.00  0.01           H
HETATM   34 H30                 18.153  21.997  10.433  1.00  0.01           H
HETATM   35 H31                 17.125  20.587  10.005  1.00  0.01           H
HETATM   36 H32                 20.199  21.549   8.463  1.00  0.01           H
HETATM   37 H33                 19.514  22.038   6.906  1.00  0.01           H
HETATM   38 H34                 20.591  23.879   7.964  1.00  0.01           H
HETATM   39 H35                 18.889  24.249   7.744  1.00  0.01           H
HETATM   40 H36                 18.459  24.023  10.163  1.00  0.01           H
HETATM   41 H37                 20.066  23.329  10.431  1.00  0.01           H
HETATM   42 H38                 19.592  26.181   9.353  1.00  0.01           H
HETATM   43 H39                 19.901  25.797  11.059  1.00  0.01           H
HETATM   44 H40                 21.142  25.468   9.832  1.00  0.01           H
HETATM   45 N3                  18.092  21.518   8.359  1.00  0.01           N
END

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 02:55:33 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-3-13 02:54
sob老师好,功能20非常强大,我通过以下步骤:

20       // visual study of weak interaction

老师如果有空的话,可以帮我看看是那一步出了问题就太好了,十分感谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2018-3-13 03:23:12 | 只看该作者 Only view this author
最好稍微等一两天,这两天就打算写IGM的帖子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

192

eV
积分
227

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 06:23:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-13 03:23
最好稍微等一两天,这两天就打算写IGM的帖子

好的好的,辛苦老师了

33

帖子

0

威望

837

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2018-4-10 19:46:50 | 只看该作者 Only view this author
借贴请教下各位老师,最近做了一组4聚体的RDG分析,想要屏蔽分子内的相互作用,按照手册和楼主的办法一样,首先做出了两个片段的效果。之后看sob老师说可以依次A-B,B-C,A-C,但是处理完之后怎么才能让这三张图显示在一起呢?是通过vmd来调整吗?还请各位老师不吝赐教!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2018-4-11 03:15:50 | 只看该作者 Only view this author
shaco 发表于 2018-4-10 19:46
借贴请教下各位老师,最近做了一组4聚体的RDG分析,想要屏蔽分子内的相互作用,按照手册和楼主的办法一样, ...

建议你用IGM,省事的多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

你只需要在IGM模块里定义四个片段,则给你的delta_g_inter直接就是对应四个单体之间相互作用的,省得折腾了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

837

eV
积分
870

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2018-4-11 11:47:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-11 03:15
建议你用IGM,省事的多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

谢谢sob老师!不过我最近一直在看RDG分析的相关内容,觉得RDG的散点图对应填色图更好分析一些,手册里也有现成的例子方便我随后联系AIM进行分析,当然IGM方法我也正在学习。这里还烦请您指教下我上面的问题,如何将RDG分析处理后的等值面图放在一起,Multiwfn处理出来的是2个cub文件,3次处理后总共是6个cub文件,这些怎么能通过vmd显示在一张图片上?我想对比下两种方法最终的出来的结果,然后再确定使用哪种方法。给您添麻烦了,再次感谢您的帮助!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2018-4-11 19:34:11 | 只看该作者 Only view this author
shaco 发表于 2018-4-11 11:47
谢谢sob老师!不过我最近一直在看RDG分析的相关内容,觉得RDG的散点图对应填色图更好分析一些,手册里也 ...

先弄明白如何手动载入cub文件及进行调节、设置,使得绘制一个填色等值面图的效果和直接用绘图脚本相同。然后类似地,把多个cube文件也效法载入,同时显示即可。

手动操作就是先载入func1.cub,再把func2.cub载入到同一个ID里,然后设置成等值面显示方式、着色设定成根据Volume着色等等。仔细看看直接用绘图脚本产生的图像对应的Graphics-representation里的设定就知道怎么去手动设成一样的效果了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 15:01 , Processed in 0.200401 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list