求助蛋白-配体簇模型的预处理问题

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-10-27 09:51:14

各位老师好，我最近在学习簇模型的QM计算，按照sob老师提到的簇模型（http://sobereva.com/597）进行尝试，但是我们课题组没有买gaussian系列的程序，因此想问一下各位老师在挖出来团簇结构之后，有没有其他可行的软件对团簇进行处理？（加氢，甲基化，删除原子等）

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-27 12:30:04

用什么程序建模和用什么程序计算没有任何直接联系，你问的本来就不是Gaussian干的事，而是可视化程序干的事

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-10-27 14:30:23

sobereva 发表于 2021-10-27 12:30
用什么程序建模和用什么程序计算没有任何直接联系，你问的本来就不是Gaussian干的事，而是可视化程序干的事

谢谢老师回复，请问老师，除了gview以外，还有没有可视化程序能对蛋白进行部分加氢或部分甲基化的操作呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-28 12:18:43

溪临昭煌发表于 2021-10-27 14:30
谢谢老师回复，请问老师，除了gview以外，还有没有可视化程序能对蛋白进行部分加氢或部分甲基化的操作呢 ...

能编辑结构的可视化多了去了，诸如avogadro、gabedit等

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-10-29 19:25:34

sobereva 发表于 2021-10-28 12:18
能编辑结构的可视化多了去了，诸如avogadro、gabedit等

明白了，谢谢sob老师

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[新手求助] 求助蛋白-配体簇模型的预处理问题