电子转移时的重心怎么表示

小小财 · 发表于 Post on 2018-4-19 16:52:07

各位老师，本人最近在使用Multiwfn计算电子密度差的相关数据，在Multiwfn中会生成如下第一张图的信息，想问一下，正负电荷重心如何在高斯里头显示出来呢，就是，我想在目标分子上标出其重心的位置，该如何表示呢，是将计算激发态的输出文件另存为，然后再放置两个虚原子么？另外，如果只是研究空穴电子分布的话，其质心又该如何表示出来呢，如第二张图，谢谢！

图一

图二

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-20 03:09:26

自行在结构文件里添加虚原子X，坐标设成Multiwfn输出的质心坐标，在gview就能显示出来了
用VMD更方便，直接就有绘图命令，比如载入结构后，输入draw sphere { 0 0 0 } radius 3 resolution 15就是在(0,0,0)处画一个半径为3的球

小小财 · 发表于 Post on 2018-4-23 16:41:39

sobereva 发表于 2018-4-20 03:09
自行在结构文件里添加虚原子X，坐标设成Multiwfn输出的质心坐标，在gview就能显示出来了
用VMD更方便，直 ...

老师，您好，我想请教以下两个问题：
1、您说是在结构文件中添加虚原子，那这个结构文件是基态优化的文件还是激发态优化的文件呢，因为我发现我的分子中基态和激发态文件中原子的坐标不一致
2、使用Multiwfn输出的坐标，可以输出电子空穴的坐标，也可以计算电子密度差，输出正负位置的坐标，那这两种情况是否都可以用加虚原子的方式，在gview中标出来呢，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-23 16:43:09

小小财发表于 2018-4-23 16:41
老师，您好，我想请教以下两个问题：
1、您说是在结构文件中添加虚原子，那这个结构文件是基态优化的文 ...

1 你这个分析用哪个结构做的就用哪个结构对应的输入文件。或者直接用Multiwfn主功能100的子功能2保存出一个新的.gjf文件，这样坐标肯定和当前对应
2 可以

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