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[GROMACS] 求助,为什么gmx tutorials的mdp文件,npt与md压浴方式不同

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老师们,我看了看官网的教程,为什么那个蛋白与配体的npt用的是berendsen压浴,到md的时候却用的是PR压浴,这难道不矛盾吗

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发表于 Post on 2020-12-31 18:07:23 | 只看该作者 Only view this author
表述不当。本来NPT就是MD用的系综的一种,哪能和MD并列来说
另外,那教程存在一些不妥之处,不要盲目效仿。

切换压浴那是平衡相和产生相之间才需要切换(虽然不切换而一直用Berendsen压浴并无显著实际问题)


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发表于 Post on 2021-1-3 14:58:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-31 18:07
表述不当。本来NPT就是MD用的系综的一种,哪能和MD并列来说
另外,那教程存在一些不妥之处,不要盲目效仿 ...

谢谢sob大,好想去听sob大的动力学培训,可惜上一次抢不到,难过

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