高斯09用TS计算过渡态的问题

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-8 21:34:41

本帖最后由 xingyuan 于 2018-5-8 22:24 编辑

按照高斯上面的例子计算过渡态，计算步骤是这样的：
1）进行势能面的扫描，选择能量最高的结构作为下一步的初始结构，2）将传输过程中相关联的原子利用Freeze命令进行优化，3）用TS命令进行过渡态的搜索，最后IRC计算。

按照这个例子，我想计算NH4+ +H2O->NH3+H30+这个反应的过渡态。奇怪的是，利用scan命令计算不出来最高点，曲线一直下降或者升高（NH3+H30+结构优化结果和反应物是一样的，就像是不存在这个结构一样）。于是我就将反应物的相对位置旋转了一些，这样得出来了结果，但是感觉过渡态不应该是这样的啊。我想象中过渡态是图1这样的，但是目前能得出结果的是图2（上传的附件是图2的结果）。

所以我想请教各位老师：
1）这样计算过渡态的方法是否正确？
2）如何查看计算的结果是否正确？（我知道查看是否有一个虚频，这个结果是有的，还是感觉不太对）
3)这个反应过渡态问题在哪里？

感激不尽！！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-5-8 22:09:12

本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-5-8 23:37 编辑

能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
~~如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能说明化学直观不好。。。~~ <--看错了图一和图二
只要操作正确、级别合理、其他设定没什么问题，过渡态优化收敛，虚频正确，IRC光滑且具有连接了底物和产物两端的极小点的趋势就是（一个）正确的、连接这两个极小点的过渡态。

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-8 22:30:14

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 22:09
能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能 ...

感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程不应该在两个分子之间吗？再次万分感谢您的回答。

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-8 22:37:28

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-8 22:38:00

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 22:09
能辅助过渡态搜索的是柔性扫描，不是scan
如果你想找质子转移，这过渡态没什么问题。你觉得应该是图一只能 ...

吼吼，刚百度一下，我是用的#p opt=modredundant关键词，这个就是柔性扫描是吧。那我问题说scan命令有误了。谢谢您。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-5-8 23:38:28

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

柔性扫描看http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html中的专门小节

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-5-8 23:42:12

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:30
感谢您的解答。我再问一下，柔性扫描应该如何设置，是Hessian命令吗？还有下面的图是图1，难道在传输过程 ...

刚才没注意图一图二反了，从IRC可以容易的看出，你找到过渡态是氢键复合物构象转变的过渡态（从其中一个H形成氢键到另一个氢形成氢键的过渡态），不是质子转移。

看到你输入没有溶剂化，找这种有明显电荷转移的过程必须要有充分的溶剂化，否则没有意义。有的电荷分离的过程在气相本来就没有过渡态。

UHF/3-21G渣我应该就不用说了，就算是“算着玩一玩”也没有意义，没有极化函数定性都是错的，几何机构能差到天上，鬼知道会出现什么情况

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2018-5-9 09:32:03

xingyuan 发表于 2018-5-8 22:38
吼吼，刚百度一下，我是用的#p opt=modredundant关键词，这个就是柔性扫描是吧。那我问题说scan命令有误 ...

scan是刚性扫描 opt=modredundant可来柔性扫描，在坐标末尾，空一行可以扫描键长比如B 1 2 S 10 -0.100扫描1和2原子间的距离，扫10步，在log文件的results应该会产生11帧，可以观察能量的变化，还可以扫描碱角，二面角或二维的势能面扫描，但柔性扫描比较费时间

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-9 11:59:23

liyuanhe211 发表于 2018-5-8 23:42
刚才没注意图一图二反了，从IRC可以容易的看出，你找到过渡态是氢键复合物构象转变的过渡态（从其中一个H ...

好的好的，我老板也说要在溶剂的条件来算，那直接加上scrf(solvent=water)关键词，用这个模型可以吗？感谢感谢！！

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-9 12:00:02

lijiayisjtu 发表于 2018-5-9 09:32
scan是刚性扫描 opt=modredundant可来柔性扫描，在坐标末尾，空一行可以扫描键长比如B 1 2 S 10 -0.1 ...

好的，学习了。

感谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-9 17:25:10

xingyuan 发表于 2018-5-9 11:59
好的好的，我老板也说要在溶剂的条件来算，那直接加上scrf(solvent=water)关键词，用这个模型可以吗？感 ...

可

xingyuan · 发表于 Post on 2018-5-9 19:30:04

sobereva 发表于 2018-5-9 17:25
可

感谢老师，可是按照这样的做法还是遇到了问题。NH4+ + H20-->NH3 + H3O+这个反应，用柔性扫描的方法得到的能量曲线一直升高或者降低，找不到最大值点。所以我就对生成物进行结构优化，结果会变成反应物的形式。那说明不存在生成物的结构？麻烦麻烦老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-10 03:27:00

xingyuan 发表于 2018-5-9 19:30
感谢老师，可是按照这样的做法还是遇到了问题。NH4+ + H20-->NH3 + H3O+这个反应，用柔性扫描的方法得到 ...

是

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