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[算法与编程] 量子化学软件Amesp简介

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本帖最后由 Warm_Cloud 于 2023-6-30 19:31 编辑

    Atomic and molecular electronic structure program(Amesp)是由张英峰独立开发(2016.3-至今)的一款GTO框架的闭源免费的量子化学软件,软件由Fortran语言编写,软件网址为www.amesp.xyzAmesp软件支持多种WFT方法和DFT方法及其一阶和二阶解析导数,可进行几何优化以及振动分析,支持激发态计算,并可以考虑溶剂化以及相对论效应。同时可以使用RICOSX等近似方法加快能量和能量导数的计算,SCF采用多种方法提高收敛的稳定性和速度。关于软件具体的使用将在后续逐一介绍,软件的简介如下:

(1) WFT方法:
    RHF, UHF, ROHF
    RMP2, UMP2, ROMP2, SCS-MP2, SOS-MP2
    基于RHFUHFMP3, MP2.5, MP4
    基于RHFUHFCID, CISD, QCISD, QCISD(T)
    基于RHFUHFCCD, CCSD, CCSD(T)
    CASSCF, CASCI, Full CI
    检测RHF,UHF,ROHF的波函数稳定性

(2) DFT方法:
    RKS, UKS, ROKS,支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函,以及双杂化泛函,24种泛函。
    LDA: lsda, xalpha; GGA: pbe, blyp, pw91, bp86, hcth407
    meta-GGA: tpss,m06l
    Hybrid-GGA: b3lyp, bhlyp, pbe0, b3pw91, b97, b971, b972
    Hybird-meta-GGA: tpssh, tpss0, m06-2x, m05-2x
    Double-hybrid functionals: b2plyp, b2gp-plyp, dsd-pbep86, dsd-blyp
    检测RKS,UKS,ROKS的波函数稳定性

(3) 大体系计算方法:
    DFTB方法
    UFF力场。

(4)激发态方法:
    基于RHF, UHF, ROHFCIS, TDHF方法
    基于RKS, UKS, ROKSTDDFT, TDA方法
    基于RHF, UHFCIS(D)方法
    基于RKS, UKS的双杂化泛函的激发态(TDDFT, TDA)计算
    SOC: 单重态-三重态的旋轨耦合矩阵元
    NAC: 基态-激发态的非绝热耦合矩阵元

(5)加速计算的方法:
    使用 RI 近似和 chain of spheres exchange(COSX) 近似加速SCFMP2以及激发态计算,其中RIJCOSX支持到二阶解析导数。

(6)辅助SCF收敛方法:
    初猜:harris, huckel, gwh, core
    使用ADIIS/EDIIS+CDIIS的组合加快收敛, Second-Order SCF(soscf)
    其他:密度阻尼方法,费米展宽,能级移动

(7)溶剂化效应:
    使用CPCM隐式溶剂化模型考虑溶剂化效应,支持到二阶解析导数。

(8)相对论效应:
    使用Spin-free exact two-component(SF-X2C)考虑标量相对论效应,支持到一阶解析导数。

(9)波函数分析:
    mulliken电荷和löwdin电荷,电子密度,多极矩,静电势(esp)和密度拟合静电势(df-esp), 交换相关势等。

(10)其他:
    极化率,电荷转移积分,Mayer能量分解方法,DFT-D2DFT-D3Basis Set Superposition Error(BSSE),定域化轨道计算等。

(11)一阶解析导数:
    RHF, UHF, ROHF, RMP2, UMP2
    RKS, UKS,ROKS,支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函,以及双杂化泛函
    基于RHFUHFCIS,TDHF
    基于RKS, UKSTDDFT, TDA方法
    CASSCF方法
    DFTB方法
    UFF力场。

(12)几何优化:
    使用berny方法,支持使用解析一阶导数和解析二阶导数进行优化,支持笛卡尔坐标冗余内坐标以及内坐标优化,支持限制性优化。

(13)二阶解析导数:
    RHF, UHF
    RKS, UKS,支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函
    UFF力场。
    可以对其他支持一阶解析导数计算的方法使用数值方法进行计算计算谐振频率以及相关的热力学量,解析二阶导数也可用于几何优化

    欢迎大家下载使用并提出宝贵的意见。

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发表于 Post on 2023-6-30 20:11:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 泡泡媛 于 2023-6-30 20:45 编辑

大师大法好

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计算化学公社外门弟子

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发表于 Post on 2023-6-30 20:16:15 | 只看该作者 Only view this author
大师,你认为 Amesp 相比于其他量化程序有什么长处呢
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-30 20:22:26 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2023-6-30 20:16
大师,你认为 Amesp 相比于其他量化程序有什么长处呢

目前没有,后面会做一些特色。

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发表于 Post on 2023-6-30 21:31:43 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
七年磨一剑,一剑耀九州

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发表于 Post on 2023-6-30 22:31:26 | 只看该作者 Only view this author
大师大法好

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发表于 Post on 2023-7-1 12:48:12 | 只看该作者 Only view this author
大师大法好

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发表于 Post on 2023-7-1 19:49:31 | 只看该作者 Only view this author
大师,太腻害了

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发表于 Post on 2023-7-3 16:46:16 | 只看该作者 Only view this author
暖云大师大法好

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发表于 Post on 2023-7-3 16:49:18 | 只看该作者 Only view this author
不知道以后社长的multiwfn有没有可能适配输入生成

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11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-4 08:29:06 | 只看该作者 Only view this author
Aridea 发表于 2023-7-3 16:49
不知道以后社长的multiwfn有没有可能适配输入生成

那要看Amesp后面发展的如何了,有没有必须使用它的理由了。

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12#
发表于 Post on 2023-7-4 10:27:10 | 只看该作者 Only view this author
暖云大师,这个软件做大做强后,会有商业化的打算吗?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-4 15:42:14 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2023-7-4 10:27
暖云大师,这个软件做大做强后,会有商业化的打算吗?

先做大做强再说,这可不是一般的难。。。。。

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发表于 Post on 2023-7-4 17:16:03 | 只看该作者 Only view this author
大师,有几个小问题
1. 是否考虑做一个类似用Multiwfn输入文件的小程序,或者直接调用Multiwfn来产生Amesp的输入文件,就像论坛的小伙伴调用Multiwfn产生QE的输入文件一样 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D41 ,这样感觉确实可以极大的降低入门Amesp的门槛(对新手)
2. 优化或振动分析的输出文件可以用哪些软件可视化嘛?或者像钟老师和冰冰姐那种监控小脚本(社长写过类似的小程序,可以将其他软件的输出文件转化为Gauss View可用的格式)
这是浅浅的使用Amesp和看手册过程中产生的一些小问题,输出很清爽,输入文件写起来也不难,希望Amesp越来越好,大师太强了
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-4 20:21:28 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2023-7-4 17:16
大师,有几个小问题
1. 是否考虑做一个类似用Multiwfn输入文件的小程序,或者直接调用Multiwfn来产生Amesp ...

1,Bin里面有一个简单的小程序,叫amg,可以把用gview产生的.gjf文件转成amesp的.aip文件(只能拷贝高斯的方法和基组,目前还十分原始),用法是amg *.gjf。这个我忘了在一开始介绍了。。。囧。
2,优化的话,Bin里面有个aopt的脚本,可以用来监控opt的过程,具体用法为aopt *.aop。可视化的话,我们也在想办法的,先尝试用ase。
多谢支持!我会好好做Amesp的!

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