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[GROMACS] 请问如何获取TIP4P/ICE水模型

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想要重复文章中的模拟,请问一下TIP4P/ICE水模型怎样获取,谢谢!

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发表于 Post on 2022-10-20 15:24:43 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我课上直接给了



tip4p-ice.itp (1.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 179)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-21 13:54:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我课上直接给了 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-5-4 17:15:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我课上直接给了 ...

老师,如果我想使用opls力场,那我将这两行修改成
opls_830  OW    8  15.9994     0.000    A    3.16680E-01   8.82160E-01
opls_831  HW    1   1.0080     0.000    A    0.00000E+00   0.00000E+00
opls_832  MW    0   0.0000    0.000    D    0.00000e+00  0.00000e+00
且加入MW,
这样的形式放入oplsaa文件夹下的ffnonbonded.itp中,然后把tip4p-ice.itp中的atoms下修改为
[ atoms ]; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
  1   opls_830   1       SOL       OW       1       0        16.00000
  2   opls_831   1       SOL       HW1      1       0.5897   1.00800
  3   opls_831   1       SOL       HW2      1       0.5897   1.00800
  4   opls_832   1       SOL       MW       1      -1.1794   0.00000
这样,是不是就可以了,还需要修改什么吗?(这里有个疑问ffnonbonded.itp中三个原子的电荷都设为0,但是tip4p-ice.itp中的atoms下的电荷不为0,这在gromacs运行时会采用哪个)

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发表于 Post on 2023-5-4 17:22:40 | 只看该作者 Only view this author
非好汉 发表于 2023-5-4 17:15
老师,如果我想使用opls力场,那我将这两行修改成
opls_830  OW    8  15.9994     0.000    A    3.166 ...
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-1-23 20:42:30 | 只看该作者 Only view this author
博主复现成功了嘛,能否交流一下模拟文件

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发表于 Post on 2024-3-15 21:03:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我课上直接给了 ...

卢老师您好,请问可以将您分享的OW_ice和HW_ice的σ和ε参数转换为C12和C6参数后,同时将tip4p-ice.itp一起放在gromos54a7力场目录下使用么?麻烦卢老师抽空帮忙解答一下,谢谢您!

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发表于 Post on 2024-3-16 07:01:00 | 只看该作者 Only view this author
lining 发表于 2024-3-15 21:03
卢老师您好,请问可以将您分享的OW_ice和HW_ice的σ和ε参数转换为C12和C6参数后,同时将tip4p-ice.itp一 ...

原理上可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-16 08:48:03 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2024-7-26 10:37:48 | 只看该作者 Only view this author
非好汉 发表于 2023-5-4 17:15
老师,如果我想使用opls力场,那我将这两行修改成
opls_830  OW    8  15.9994     0.000    A    3.166 ...

麻烦问一下大神,你这个数据应该去哪里找
opls_830  OW    8  15.9994     0.000    A    3.16680E-01   8.82160E-01
opls_831  HW    1   1.0080     0.000    A    0.00000E+00   0.00000E+00
opls_832  MW    0   0.0000    0.000    D    0.00000e+00  0.00000e+00

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