单个金属离子的优化问题

renlangfen

大家好，最近在研究物质对金属离子的吸附能，E（吸附能）=E(吸附产物)-E(底物)-E（金属离子），每次算出来的结果都很大，达到负的几百kcal/mol，金属离子是不是直接用高斯进行优化的，只要注意电荷和自旋就可以了吗？

phyyyds

wzkchem5 发表于 2024-5-14 14:38
只是石墨烯吸附K的话。已经有无数文献做过了，建议调研文献，这样除了知道怎么算，也好知道哪些问题已经 ...

谢谢老师，在参考文献做了！

wzkchem5

phyyyds 发表于 2024-5-13 13:57
感谢老师！！！我用GaussView验证了一下，加H的石墨烯纳米片C原子数量不同的话，原来既可以是单重态又可 ...

只是石墨烯吸附K的话。已经有无数文献做过了，建议调研文献，这样除了知道怎么算，也好知道哪些问题已经被人算过了

phyyyds

wzkchem5 发表于 2024-5-13 16:26
检查你的中性分子是不是画错了，例如多画、漏画了氢，或者这个分子实际上不是中性的

感谢老师！！！我用GaussView验证了一下，加H的石墨烯纳米片C原子数量不同的话，原来既可以是单重态又可以是双重态。那么：
（1）那我做离子吸附只要用 0 1的石墨烯纳米片加K原子，总体设为 1 1就可以吧？
（2）做N替位掺杂的话，我看站里解释是单N掺杂不改变charge，多重态是2吗？那么K离子吸附模型设为 1 2就行吗？
（3）如果是3个N掺杂，多重态是不是需要算一下2和6，取能量最低的值。
（4）计算吸附能时候，K离子能量可以继续用B3LYP D3 def2-TZVP def2/J 计算吗？
再次感谢老师的回复，看了其他帖子下您的解释，受益匪浅

wzkchem5

phyyyds 发表于 2024-5-13 05:15
请教一下老师，我用中性分子吸附K离子，整体电荷为+1，但K离子应该是闭壳层，多重度为1，所以我设置的cha ...

检查你的中性分子是不是画错了，例如多画、漏画了氢，或者这个分子实际上不是中性的

phyyyds

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

请教一下老师，我用中性分子吸附K离子，整体电荷为+1，但K离子应该是闭壳层，多重度为1，所以我设置的charge和多重度是 1 1，但软件提示总电子数是奇数个，应该是把K当成K原子计算了，该如何修改多重度呢?

wzkchem5

csu-77 发表于 2022-11-9 03:40
麻烦再问下老师，我看了您推荐的基组选择文章，wb97x-v或wb97m-v更适合过渡金属体系的计算，由于首次用这 ...

你说的这些是泛函，不是基组。注意用词规范性。
你没写基组，当然报错。把基组也写上。而且wB97X-V、wB97M-V自带色散（那个V就是色散，但不叫色散校正），所以不用且不能加色散校正。
最后，下次问报错问题，一定要给出详细的报错信息。只说报错不给报错信息的，我们原则上拒绝回答

csu-77

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

麻烦再问下老师，我看了您推荐的基组选择文章和一些人的建议，PBE0更适合Gaussian中过渡金属体系的计算，由于首次用这个基组，提交任务时一直报错，提示是关键词写入错误，还望老师指正错误

%mem=64GB
%nproc=64
%chk=MAP-Co-MAP.chk
# opt freq pbe0/tpssh em=gd3 formcheck

MAP-Co-MAP

0 4
P                 -2.14138700   -1.31109400   -0.10498100
O                 -1.78178000   -0.02616000   -1.08496700
O                 -0.77137700   -1.32809800    0.80099600
Co                -0.04905500    0.27198900   -0.14750000
O                  0.68061700    1.87347000   -1.09254700
O                  1.68676200    0.55379600    0.78321700
P                  2.05913300    1.83398200   -0.19910100
O                  2.45620500    3.23997200    0.64927600
O                  3.41476000    1.66805600   -1.17248800
C                  4.74381500    1.39737200   -0.70979700
C                  4.99653500    0.41750200    0.26270100
C                  6.33007400    0.15085700    0.60815200

csu-77

wzkchem5 发表于 2022-11-1 14:40
按配合物的总电荷判断

中性，那就是0了，多谢老师

wzkchem5

csu-77 发表于 2022-11-1 07:09
那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem= ...

按配合物的总电荷判断

csu-77

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem=64GB
%nproc=64
%chk=P204-Ni-P204.chk
# opt b3lyp/tzvp em=gd3 formcheck

P204-Ni-P204

0 3
P                 -2.95349700   -0.11592200   -1.08893400
O                 -1.71817900    0.30700100   -1.91741200
O                 -2.44197900   -0.21999500    0.37624500
Ni                -0.56617600    0.13017100   -0.26357900
。
。
。

参考的一篇文章https://doi.org/10.1016/j.seppur.2019.116325，用的是B3LYP，所以就直接用了，感谢老师提醒，我看下您推荐的文章

wzkchem5

csu-77 发表于 2022-10-31 15:54
看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2 ...

到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算过渡金属体系，参见http://sobereva.com/272

csu-77

看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2+的自旋多重度计算为4、6、3

sobereva

Jaydu1996 发表于 2019-8-19 21:48
谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较 ...

M06-2X就够了

Jaydu1996

sobereva 发表于 2019-8-17 15:28
如果要求极高精度，甭用DFT，用CCSD(T)。基组cc-pVQZ（对于K此基组没定义，用cc-pVQZ-PP或def2-QZVP）或 ...

谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较合适