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[Multiwfn使用咨询] 有没有可能算IAO和IBO?

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Gerald Knizia搞的intrinsic atomic和bond orbitals (IAO和IBO):http://dx.doi.org/10.1021/ct400687b

据说在分析化学成键尤其是沿化学反应路径上的成键分析比NBO要好。他们自己开发了个IBOView的软件,画出来的轨道很酷炫:http://iboview.org
可我在mac上编译不了,windows和linux上也运行不起来,好像是显卡不支持。

不知道Multiwfn有没有加入计算IAO和IBO的功能?

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发表于 Post on 2023-2-2 05:28:08 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2023-2-1 16:38
老师,打扰您一下,您之前用过IBO,我看到官网发的图片,如图,我只是仅仅想画分子结构图,觉得IBOView画 ...

这网页都说了,第一个在文章里用这个渲染模式的人可以颁个奖。。。明摆着这个模式不是正经发文章用的,可能用在一些科普文章里营造炫酷风格还可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-2-2 01:23:49 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2023-2-1 23:38
老师,打扰您一下,您之前用过IBO,我看到官网发的图片,如图,我只是仅仅想画分子结构图,觉得IBOView画 ...

一点都不好看,塑料感和气泡太重

用下文的方法画出来的好看得多,我如今发文章一律用下文方法作图
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-2-1 23:38:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-28 22:52
直接用Multiwfn里的定域化轨道功能就行了,没必要用IBO,见
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、Ad ...

老师,打扰您一下,您之前用过IBO,我看到官网发的图片,如图,我只是仅仅想画分子结构图,觉得IBOView画出来这种渲染图挺好看的,所以想画下,但是没有找到教程,请问老师您绘制过如图的这种风格的结构图么?方便分享一下么,麻烦您啦,谢谢

202302012338088858..png (233.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

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发表于 Post on 2022-8-8 05:00:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JohTin 于 2022-8-8 05:02 编辑
zhangfuqiang 发表于 2018-8-30 11:23
我把Gerald Knizia的iboview改进了一些,能读Gaussian的fchk和cube,但cube不好看。Windows编译需要intel的 ...

你好,请问有源码吗??

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发表于 Post on 2021-12-24 19:54:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-21 18:54
46个原子用Multiwfn做轨道定域化轻轻松松,没必要用IBOview
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、 ...

46个原子的团簇原来可以算,但是实在是慢还有点卡。multiwfn试了试还是很快的。多谢老师!

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发表于 Post on 2021-12-24 19:50:46 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2020-11-10 09:37
好的,谢谢sob老师!

46个的团簇后来设置其他方法算了一下可以算,但是就是慢。相比之下multiwfn更快一点

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发表于 Post on 2021-12-24 19:47:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-21 18:54
46个原子用Multiwfn做轨道定域化轻轻松松,没必要用IBOview
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、 ...

好的收到,谢谢sob大神!

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发表于 Post on 2021-12-21 18:54:37 | 只看该作者 Only view this author
super周扬扬扬 发表于 2021-12-21 17:20
你好楼主,我想问一下IBO是对原子数目有要求吗,为何我46个原子的团簇IBOview居然带不动,,,

46个原子用Multiwfn做轨道定域化轻轻松松,没必要用IBOview
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html
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发表于 Post on 2021-12-21 17:20:33 | 只看该作者 Only view this author
zhangfuqiang 发表于 2018-8-30 11:23
我把Gerald Knizia的iboview改进了一些,能读Gaussian的fchk和cube,但cube不好看。Windows编译需要intel的 ...

你好楼主,我想问一下IBO是对原子数目有要求吗,为何我46个原子的团簇IBOview居然带不动,,,

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发表于 Post on 2020-11-10 09:37:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-9 19:49
当然可以,Multiwfn在这方面强大得很
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432(h ...

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-11-9 19:49:46 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2020-11-9 19:27
sob老师好,您说IBO就是常规的轨道定域化,可以用Multiwfn里的定域化轨道功能进行分析。但我看一篇文献里 ...

当然可以,Multiwfn在这方面强大得很
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html

pi型LMO既可以自己手动看轨道图形识别,也可以以上文我提出的算法让Multiwfn自动识别
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发表于 Post on 2020-11-9 19:27:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-28 22:52
直接用Multiwfn里的定域化轨道功能就行了,没必要用IBO,见
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、Ad ...

sob老师好,您说IBO就是常规的轨道定域化,可以用Multiwfn里的定域化轨道功能进行分析。但我看一篇文献里面也是用IBO进行分析,作者分析了体系的π-IBO,例如下图中的“Changes in two β-IBOs corresponding to the π-density of DHA (blue-green) and that of the diisopropylphenyl moiety of the ligand (pink-orange) are represented simultaneously in (i)”,如果使用定域化轨道功能进行分析,可以单独分析体系中的π电子吗?

π-IBO.png (165.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)

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发表于 Post on 2020-6-23 18:13:53 | 只看该作者 Only view this author
楼主有IBO的使用教程可以分享吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-1 22:18:29 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-1 06:23
NPA正是靠的OWSO最终实现NAO极小基和里德堡集的分离,弥散函数带来的不良影响的锅都让里德堡集来背,因此 ...

多谢透彻的讲解!

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发表于 Post on 2018-9-1 06:23:00 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2018-8-31 19:15
NPA之所以能甩锅,还是因为加了占据数权重。NPA/NBO分析几年前也被扩展到周期性体系中,而且也适用于使用 ...

NPA正是靠的OWSO最终实现NAO极小基和里德堡集的分离,弥散函数带来的不良影响的锅都让里德堡集来背,因此基于NAO搞事,怕不怕弥散函数关键看最终研究的问题是否会有明显的里德堡集NAO的参与。

PM方式能合理做LMO的前提在于按照基函数来划分,可以合理地得到原子对各个轨道的贡献。对于占据轨道,绝大部分情况NAO极小集起绝对主要贡献,这正是NAO方法对占据轨道做轨道成分分析不怕弥散函数的前提,因此基于NAO以PM方式对占据轨道做定域化一般可行,但是不排除个例里德堡集也会占不小成分。而对于非占据轨道的PM定域化,由于非占据轨道中大部分都来自里德堡集NAO描述,因此基于NAO一般是没法合理给出非占据轨道的轨道成份的,也因此非占据轨道的PM定域化靠NAO无法合理实现(比基于原始基函数应当更糟),有弥散函数就更不行了。

实际上基于NAO做轨道定域化,直接用NBO的NLMO关键词用NLMO方法来做就完事了,那个算法思想还不错,拿NBO作为初始轨道,迭代到收敛所需次数比PM方法更少,用NAO基于PM方法来做反倒走弯路。
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