计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 19999|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 请教VMD中的显示部分内容的问题

[复制链接 Copy URL]

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

请教各位,在VMD中可不可以只显示指定分子附近一定距离的区域呢?

比如有一个体系包含A、B、C三种分子的体系,想看一下某个A分子及距离其r范围的的B分子分布,而其他分子不再显示。请问这可以怎么设置呢?

我利用TkConsole做了做,但是发现有两个问题不明白?
1、如何选中A分子中的某一个分子呢?
2、如何设置A分子周围r范围内的B分子呢?

我用atomselect功能只能选择出原子,而没法方便的选中分子。

先谢谢大家了!



349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2022-11-2 11:16:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-2 08:27
如果你是想让两个分子保持在一起便于观看,gmx trjconv的时候加上-pbc cluster,并且提供索引文件,里面 ...

收到,谢谢老师~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2022-11-2 08:27:18 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2022-11-1 21:32
老师,有个问题想请教您!我进行分子动力学模型得到的平衡构型用VMD显示如下,感觉两个团簇分子应该在一 ...

如果你是想让两个分子保持在一起便于观看,gmx trjconv的时候加上-pbc cluster,并且提供索引文件,里面定义一个对应于这两个分子的组,到时候选这个组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2022-11-1 21:32:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2022-11-1 21:33 编辑
sobereva 发表于 2022-10-18 00:19
前例里的resname ADP改成name SH(假设硫原子的原子名叫SH)

VMD里原子选择语句的语法和例子

老师,有个问题想请教您!我进行分子动力学模型得到的平衡构型用VMD显示如下,感觉两个团簇分子应该在一起。但是可能是盒子显示所以没有在一起,用periodic的三个方向显示全后,还是最边缘处存在最初的小的团簇,想请问老师应该如何解决这种情况?谢谢老师


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2022-10-18 00:19:54 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2022-10-17 15:53
sob老师好,那如果我想显示S原子10埃范围内的所有完整的水分子(不会少原子),命令将怎么改

前例里的resname ADP改成name SH(假设硫原子的原子名叫SH)

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

439

eV
积分
507

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2022-10-17 15:53:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jus 于 2022-10-17 19:14 编辑
sobereva 发表于 2015-5-12 16:49
例如same residue as {within 15 of resname ADP}  显示ADP的15埃范围内的所有原子,原子所在残基完整保 ...

sob老师好,那如果我想显示S原子10埃范围内的所有完整的水分子(不会少原子),命令将怎么改

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-12 18:24:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-12 16:49
例如same residue as {within 15 of resname ADP}  显示ADP的15埃范围内的所有原子,原子所在残基完整保 ...

谢谢sob老师,终于完成了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-5-12 16:49:58 | 只看该作者 Only view this author
yaochuang 发表于 2015-5-12 16:21
谢谢sob老师,

但是这样显示的只是距离A5埃以内的B的原子,可不可以把B分子显示完全呢?就是说只要某 ...

例如same residue as {within 15 of resname ADP}  显示ADP的15埃范围内的所有原子,原子所在残基完整保留

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
函数与激情 + 1 赞!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

147

帖子

0

威望

2434

eV
积分
2581

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-12 16:21:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-12 11:00
用不着tkconsole。直接在selected atom里输入诸如
[选择B] and within 5 of [选择A]
就显示出了A的5埃以 ...

谢谢sob老师,

但是这样显示的只是距离A5埃以内的B的原子,可不可以把B分子显示完全呢?就是说只要某个B分子中有一个原子和A分子相距5埃就把这一个分子都显示出来。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-5-12 11:00:41 | 只看该作者 Only view this author
用不着tkconsole。直接在selected atom里输入诸如
[选择B] and within 5 of [选择A]
就显示出了A的5埃以内的B,如果还想把A也显示再来个or [选择A]
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 05:59 , Processed in 0.175481 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list