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[新手求助] 想请教关于解释计算结果的问题

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本帖最后由 steven 于 2018-10-31 17:38 编辑

各位老师同学好。实验上常温做出来一个产物,是1位产物。我做计算研究1位和三位的竞争问题,但是本人菜鸟一个,这是第一次要发文章。
现在我有两个问题想听取一下大家的建议:


1,我找到的最低的1位路径势垒是 25 kcal/mol,3位是 25.6 kcal/mol.  都超过了21kcal/mol  这俩决速步涉及的TS都是一个脱H的H转移过程。 计算级别M06/6-31g*  溶解自由能直接是用M06/6-31g* SCRF(SMD,solvent=AceticAcid) 得到的单点能加到之前的气相下自由能校正量得到的,相当于用再M06算的溶解自由能。 投稿的话有没有什么比较好的方式能说一下由于计算误差什么的超过了21kcal/mol? 还是直接不提这个事也行?

2,如果用这个势垒算反应速率的话一定很小,而且反应步骤很多,我觉得误差会很大所以没想算速率。 按照决速步来看1位只比3位低了0.6kcal/mol  这样用于说明1位很有优势会有啥问题吗?(或者也像1一样解释一下,比如说可能是计算误差导致差这么小,实际差的可能更大?)

谢谢大家。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-15 12:06:43 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师指点。

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发表于 Post on 2018-11-15 05:59:52 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-14 12:05
"2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信不信 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-14 12:05:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-2 17:49
1 是
2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信 ...

"2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信不信了。如果能做个双杂化计算进一步验证的话更有说服力。"

老师   您的意思是只单独再对这两个TS用双杂化泛函算一下,证明1位确实比3位低,然后把这个结果用文字的形式提一下就行了,并不放在文章的computation detail部分和energy profile中。我理解的对吧。。。?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-4 11:58:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-4 05:02
这种情况不用一致

明白了。
真的感谢Sob老师!

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发表于 Post on 2018-11-4 05:02:45 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-3 20:09
老师, 您之前说过D3要用就所有过程都用,要么就都别用。我之前的优化振动分析都是M06没加D3校正, 您推 ...

这种情况不用一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 20:09:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-11-3 21:38 编辑
sobereva 发表于 2018-10-31 23:13
溶解自由能那个级别没问题
双杂化用B2PLYP-D3(BJ)。此时尽量用不低于def2-TZVP的基组

老师, 您之前说过D3要用就所有过程都用,要么就都别用。我之前的优化振动分析都是M06没加D3校正, 您推荐我用B2PLYP-D3(BJ)重新算一下单点,我需不需要把双杂化的D3去掉来算单点?

(本来上一个是最后一个问题,突然想到还忘了问这个问题。。。)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 20:04:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-3 20:03
多此一举
计算过程始终要保持统一性,不能某些结构溶剂下优化,其它结构都气相优化。这种显得异常的举动 ...

感谢老师!

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发表于 Post on 2018-11-3 20:03:51 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-3 19:27
不好意思老师,关于这篇文章我还想再请教您最后一个问题。
在我计算的两条路径A和B中,两路径对应的中间 ...

多此一举
计算过程始终要保持统一性,不能某些结构溶剂下优化,其它结构都气相优化。这种显得异常的举动都很容易被审稿人揪着,说不定到时候让你把所有结构都在溶剂下重新优化一次。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-3 19:27:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-2 17:49
1 是
2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信 ...

不好意思老师,关于这篇文章我还想再请教您最后一个问题。
在我计算的两条路径A和B中,两路径对应的中间体能量相差都比较明显。但是恰恰路径A的决速步对应的过渡态TSa和路径B的决速步对应的过渡态TSb能量相差不大,都是气象优化溶剂校正单点。
由于上述原因,我可不可以在文章里说 “为了进一步区分,只把TSa和TSb在溶剂模型下优化了。”    然后把算出的能量填到之前的energy profile里。
这样做行吗老师? 谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-2 18:03:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-2 17:49
1 是
2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-11-2 17:49:29 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-2 17:08
再次打扰老师。。
1.  我几何优化和振动分析是 M06/6-31G* int=ultrafine    溶解自由能是  M06/6-31G*  ...

1 是
2 可以作为依据,但是对于普通泛函来说,能正确分辨0.6 kcal/mol数量级的差异并不容易,看审稿人信不信了。如果能做个双杂化计算进一步验证的话更有说服力。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-2 17:08:33 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-2 09:17
好的,谢谢老师的耐心指导。

再次打扰老师。。
1.  我几何优化和振动分析是 M06/6-31G* int=ultrafine    溶解自由能是  M06/6-31G* int=ultrafine SCRF(SMD,solvent=AceticAcid)。 我要做反应中一个中间体的波函数分析,是不是应该用 M06/6-31G* int=ultrafine SCRF(SMD,solvent=AceticAcid) 的波函数? 谢谢老师!

2. 我把泛函和D3矫正都统一了,这下 1位 和 3位 就差了 0.6 kcal/mol   应该作为依据也可以吧?

感谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-2 09:17:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-2 05:26
原理上单点应当也用ultrafine
D3要用就所有过程都用,要么就都别用

好的,谢谢老师的耐心指导。

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发表于 Post on 2018-11-2 05:26:12 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-11-2 01:43
完了,都用M06L优化振动分析一遍应该来不及了。只能再用M06重新算势垒,就用fine是不是也行呢老师?优化 ...

原理上单点应当也用ultrafine
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