求问老师，在GMX建模时分子数选择与压力关系的相关疑问

qzp0459 · 发表于 Post on 2018-12-3 17:20:00

老师、同学您好！我想请教您一个关于gmx模拟的问题。

我做的是分子在碳材料孔隙内吸附的相关研究，体系一般不涉及水。想请教您在给定盒子内吸附质的分子数时候有什么标准嘛？如果采用NVT系综，随着吸附的进行，孔隙外的分子数越来越少，会不会导致压强发生改变，进而与实际情况不符呢？麻烦您啦！

agent99 · 发表于 Post on 2018-12-4 08:08:01

指定压力下的吸附量可以通过grand-canonical MC得到

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-4 00:45:09

怎么填看也看实际目的
比如就是想研究石墨烯完全吸附满分子时的结构特征，分子尺寸小了，则必然填的分子就得更多

qzp0459 · 发表于 Post on 2018-12-3 23:26:53

sobereva 发表于 2018-12-3 22:21
最好给个模拟的碳材料的结构图（分子结构+盒子）便于说明问题

谢谢您！

qzp0459 · 发表于 Post on 2018-12-3 23:18:03

本帖最后由 qzp0459 于 2018-12-3 23:26 编辑

sobereva 发表于 2018-12-3 22:21
最好给个模拟的碳材料的结构图（分子结构+盒子）便于说明问题

抱歉老师，之前没看到您在这里回复。

我的体系是3*5nm的石墨烯片层狭缝孔结构，盒子采用PBC体系，上下左右均留出1nm的空白区域，现在想往盒子内填充甲苯分子，我做的时候是填充了100个左右，所有分子都能被吸附在片层结构上。请问老师这个分子数目的填充是需要遵循实际密度吗？如果换成相对更小的SO2或CO2分子，填充分子数的原则也一致嘛？

万分感谢您

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-3 22:21:10

最好给个模拟的碳材料的结构图（分子结构+盒子）便于说明问题

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