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[GROMACS] GMX如何导出确定的某一帧坐标

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本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-12-26 22:47 编辑

1.我在跑完一个退火过程后,取最后1ns中的能量最低的结构做QM/MM模拟
其中gmx energy -f heat.edr -o heat.xvg查看能量最低的那一帧


2.如果我发现第1001帧的能量最低的话
2.1.使用GMX直接导出某一帧坐标我使用命令gmx trjconv -s heat.tpr -f heat.xtc -o QM.pdb -sep -skip 1 -dt 1000 -pbc mol
导出的QM0.pdb文件就是第1001帧的坐标,这个dt 1000是间隔1000



2.2.结合VMD使用导出
先使用以下命令导出完整分子的轨迹图
gmx trjconv -f heat.xtc -onew.xtc -s heat.tpr -pbc whole
再使用VMD先载入.gro文件,再载入新生成的new.xtc
如图导出第1001帧的坐标

我的操作有什么问题么,还请老师指教





1001.png (6.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-30 09:57:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-30 04:27
没法严格约束整个分子的结构严格不变,但可以添加一些约束项,保持某些关键原子间距离不变,等效起到维持 ...

谢谢老师
学习了很多

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发表于 Post on 2018-12-30 04:27:50 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-12-29 10:31
还要麻烦老师一个问题
我的分子跑完动力学后,某种分子变形比较厉害,那我可以设定在跑的时候分子只移动 ...

没法严格约束整个分子的结构严格不变,但可以添加一些约束项,保持某些关键原子间距离不变,等效起到维持结构的效果,或者增加导致严重变形的几何变量的力常数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-29 10:31:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04
第0帧对应初始结构

还要麻烦老师一个问题
我的分子跑完动力学后,某种分子变形比较厉害,那我可以设定在跑的时候分子只移动而结构不发生变化了
小白问题,还请老师见谅

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 15:53:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-28 13:04
第0帧对应初始结构

谢谢老师

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发表于 Post on 2018-12-28 13:04:16 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-12-28 09:40
谢谢老师
可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶
还请老师批评

第0帧对应初始结构

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柒月小鱼 + 5 谢谢老师耐心指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-28 09:40:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-28 01:18
恰当用-pbc选项处理就完了,我的目的是提示你dump怎么用
VMD的编号从0开始

谢谢老师
可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶
还请老师批评

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发表于 Post on 2018-12-28 01:18:13 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-12-27 17:26
谢谢老师的指教,我尝试了下
1.导出的是一个周期性的盒子,外层是有破碎的分子的,但是内层坐标与方法2 ...

恰当用-pbc选项处理就完了,我的目的是提示你dump怎么用
VMD的编号从0开始
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本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-12-27 17:28 编辑
sobereva 发表于 2018-12-27 05:55
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000,就可以提取最接近3000ps的那一帧

...

谢谢老师的指教,我尝试了下
1.导出的是一个周期性的盒子,外层是有破碎的分子的,但是内层坐标与方法2是一致的
2.方法2中明明是只有6600帧,那个第0帧是什么鬼哦,而且还是有坐标数据的麻烦老师了

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发表于 Post on 2018-12-27 05:55:14 | 只看该作者 Only view this author
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000,就可以提取最接近3000ps的那一帧

2 操作没问题。但记得载入gro后把当前仅有的那一帧先删掉
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