分子动力学模拟过程中cutoff值的选取问题

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-1-9 21:00:09

各位前辈好，我在真空中跑三个环组成的环肽纳米管，管子的大小为[18,18,15]。文献中cutoff值一般都是12，但我看到cutoff选取时应该是小于盒子大小的一半，我的config文件如附件所示。cutoff选择12或者9发现跑出来的结果不太一样，请问我设置为9是否合理？希望各位帮忙解答一下，谢谢！！！

渠梦楠 · 发表于 Post on 2019-1-9 22:18:23

fhh2626 发表于 2019-1-9 21:59
真空中由于没有PME考虑长程相互作用，cutoff需要设得大一些，12甚至14都是合理的值

另外charmm力场拟合 ...

明白了，谢谢您的回答。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-1-9 21:59:25

真空中由于没有PME考虑长程相互作用，cutoff需要设得大一些，12甚至14都是合理的值

另外charmm力场拟合的时候cutoff的默认值为12，只有在计算资源非常紧张的时候才建议降到10或者9

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[NAMD] 分子动力学模拟过程中cutoff值的选取问题

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