gromacs合并轨迹文件问题

mjluan · 发表于 Post on 2019-2-27 11:32:43

各位老师好，求助一个关于合并轨迹文件的问题，我做的是蛋白液滴的去溶剂化过程的模拟，成品md采用trajectory stiching approach的方法，生成一小段一小段的文件，现在准备做rmsd的分析，我用trjconv指令提取了每一小段蛋白质的xtc文件，又用trjcat指令合并了xtc文件，但是发现计算rmsd的指令里还需要输入tpr文件，想请问tpr文件怎么合并呢？

mjluan · 发表于 Post on 2019-2-27 18:15:47

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-27 14:37:05

tpr不需要合并，也没法合并。用哪个tpr都可以

mjluan · 发表于 Post on 2019-2-27 11:33:16

rmsd分析的指令gmx rms -s npt.tpr -f fixed.xtc -o rmsd.xvg

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[GROMACS] gromacs合并轨迹文件问题

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