用ONIOM优化体系结构时出现L101错误

Villain_IP

我需要用ONIOM方法研究蛋白质与有机小分子相互作用的机理，但输出文件一直报L101错误，不知道应该如何解决，请各位大神赐教！

我是这样做的，从PBD bank下载蛋白质的pdb文件，放到Schrodinger软件中进行加氢补全缺失部分再导出新的pdb文件，通过Gaussview打开，另存为gjf文件，再设置layers。
pdb文件已经删掉一条chain B，High layer是原pdb文件中的配体。

以下为输入文件：
%chk=6G5O-add.chk
%nprocshared=28
%mem=30gb
#p opt freq oniom(b3lyp/6-31g(d,2p):Amber) Geom=Connectivity

THE STRUCTURE OF A CARBOHYDRATE ACTIVE P450

0 2 0 2 0 2
C-CT--0.366200(PDBName=CH3,ResName=ACE,ResNum=1_A)  0   -0.10900000   15.06100000   10.74100000 L
C-C-0.597200(PDBName=C,ResName=ACE,ResNum=1_A)      0   -0.49400000   14.24500000   11.96900000 L
O-O--0.567900(PDBName=O,ResName=ACE,ResNum=1_A)     0   -0.21200000   14.66300000   13.09000000 L
H-HC-0.112300(PDBName=1H,ResName=ACE,ResNum=1_A)    0    0.87300000   15.51300000   10.88300000 L
H-HC-0.112300(PDBName=2H,ResName=ACE,ResNum=1_A)    0   -0.07100000   14.44100000    9.84400000 L

...
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=155_A)  0   10.49580696    2.78284663   31.46706500 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=239_A)  0   -0.02998927   19.73494238   10.86394276 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=279_A)  0  -14.80519722   25.75293719   51.50866869 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=368_A)  0  -11.72117432    6.83591738   37.95396585 L


输出文件：
一个是Missing atomic parameters; 另一个是End of file reading connectivity.


会不会是pdb文件还没有补全的原因呢？报“Missing atomic parameters”时会具体告知原子序号，但看不出出了什么错误，希望大神能给予我帮助，感谢！

sobereva

Villain_IP 发表于 2019-3-9 17:20
谢谢Sob大神的指正，我这几天都是先用乙醇分子作为模型解决“ Missing atomic parameters for atom ” 这 ...

用虚原子是莫名其妙，不要这么做
amber力场不是普适型力场，基于amber力场做ONIOM的时候，你得手动指定链接原子的原子类型，而且提示缺什么参数你就得补什么参数

总的来说，除非迫不得已，否则绝对不要用ONIOM，很麻烦，不是很懂ONIOM的话还会因为不恰当的使用引入不少误差。当前体系，恰当用簇模型足够进行合理的研究，也就是把相互作用位点附近挖出个球形，把边缘原子冻结、适当饱和，然后优化、计算相互作用能

Villain_IP

sobereva 发表于 2019-3-7 02:20
6-31g(d,2p)这基组是搞笑的。本来氢加极化的重要性一般就比较低，还加两层，完全说不通

先别管ONIOM，先 ...

谢谢Sob大神的指正，我这几天都是先用乙醇分子作为模型解决“ Missing atomic parameters for atom ” 这个问题。
分别用UFF力场和Amber力场做ONIOM opt计算，结果UFF 是Normal termination的；但Amber还是报L101错误“ Missing atomic parameters for atom ” ；然后我尝试继续用Amber力场条件下在边界以两个虚原子隔开H层和L层，结果是Normal Termination，这种做法会不会是乱来的呢，这样做有意义吗？

以下是引入虚原子的输入文件

%chk=ONIOM-test-2.chk
%nprocshared=28
%mem=1GB
# opt freq oniom(b3lyp/6-31g(d):amber) geom=connectivity

Title Card Required

0 1 0 2 0 2
C-CT             0   -0.45983871   -0.77486396   -0.25711953 H
H-HC             0    0.08211468   -1.66457670   -0.01299298 H
H-HC             0    0.06102204   -0.23872530   -1.02273001 H
H-HC             0   -1.43663172   -1.03682075   -0.60662496 H
C-CT             0   -0.27403300    0.15918982    1.18301580 L
H-H1             0   -0.62908935    1.16856291    1.18203828 L
H-H1             0   -0.63230211   -0.34407861    2.05666569 L
O-OH             0    1.15596458    0.15690892    1.18432385 L
H-HO             0    1.47642457    0.60938719    1.96801309 L
X-               0   -0.36459967   -0.29608313    0.48106977 H
X-               0   -0.14387295   -0.20083913    1.05760498 L

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0
2
3
4
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6
7
8 9 1.0
9

sobereva

6-31g(d,2p)这基组是搞笑的。本来氢加极化的重要性一般就比较低，还加两层，完全说不通

先别管ONIOM，先用Amber力场对这个体系做单点，先想办法让单点能不报错，再说ONIOM。记住做分子力场计算的时候必须提供连接关系段落