用ONIOM优化计算激发态问题

liyuanfu7 · 发表于 Post on 2019-5-13 22:49:17

本帖最后由 liyuanfu7 于 2019-5-13 22:55 编辑

老师好，最近想用ONIOM（QM/MM）方法通过堆积方式计算发光材料分子的固态激发态性质。我先在mercury里面堆好分子，确保要研究的QM部分被MM部分完全包住。然后导出为.mol2格式，然后通过gview打开，通过atom groups 对其进行分层，将MM部分冻住，并将其电荷设为1，来优化的s0。
s1的计算是在#p opt oniom(b3lyp/6-31g(d)/Auto TD=(nstates=10):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity下进行计算的。问题是，同样的方法对于类似体系，得到的s1的输出结果文件不一样。

两个分子以及其各自的输出文件已在图片中上传，

为什么对于分子1就可以单独输出单重态的各个能级，但是对于分子2，为什么把三重态能级也输出了呢？这样不就没法算出绝热能级了吗？

Zzz1126 · 发表于 Post on 2024-7-13 18:29:17

您好，我有个问题想要请教一下，我目前是想要用oniom（QM:MM）去优化一个比较大的分子，但问题是基态优化后的结构和原始晶体中抠出的分子结构有比较大的变化和扭转，有什么办法可以限制这个扭转吗，下面是我的计算步骤：
1、设置超胞，然后取中心分子限制性优化，然后得到chelpg电荷
2、设置双层oniom，冻结外层分子，设置背景电荷后优化基态结构 #p opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity

王采岑 · 发表于 Post on 2021-3-11 10:34:28

phosphorescence 发表于 2021-3-3 11:04
你好，请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，我的S1态和T1态的能量均比文献上的小。

解决了，问了原作者，计算的时候他没有用eqe电荷

phosphorescence · 发表于 Post on 2021-3-3 11:04:41

王采岑发表于 2020-10-8 20:00
同理论级别的计算

S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity ...

你好，请问你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，我的S1态和T1态的能量均比文献上的小。

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-12 16:02:40

wzkchem5 发表于 2020-10-12 13:03
还是仔细和文献比对一下吧。既然文献也有分子三维结构图，这也就是看一眼的事。
每个阳离子上下各有一个 ...

嗯嗯，好的，十分感谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-12 13:03:05

王采岑发表于 2020-10-12 11:11
这个应该不是问题，我是直接从CCDC下载的晶体结构

还是仔细和文献比对一下吧。既然文献也有分子三维结构图，这也就是看一眼的事。
每个阳离子上下各有一个卤离子，如果文献取的上面的，你取的下面的，优化结果也许就会有差别

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-12 11:11:39

wzkchem5 发表于 2020-10-11 11:50
你优化的分子结构和文献一致吗？
如果你初始结构里卤素和碳摆得太近，有一定概率卤素会和碳成共价键，而 ...

这个应该不是问题，我是直接从CCDC下载的晶体结构

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-11 11:50:12

王采岑发表于 2020-10-10 14:49
有的

你优化的分子结构和文献一致吗？
如果你初始结构里卤素和碳摆得太近，有一定概率卤素会和碳成共价键，而不是像文献这样成盐

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-10 14:49:49

wzkchem5 发表于 2020-10-9 16:12
这个文献的全文有吗

有的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-9 16:12:55

王采岑发表于 2020-10-9 15:49
文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

这个文献的全文有吗

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-9 15:49:18

wzkchem5 发表于 2020-10-8 22:37
你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少 ...

文章算的NTO，我还没算这个地方呢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 22:37:28

王采岑发表于 2020-10-8 20:00
同理论级别的计算

S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity ...

你的前线轨道能级和形状和文献吻合得好吗？
很有意思的是你算的T1跟文献对得还可以，但S1差特别多，很少有什么因素能对S1影响那么大，却不太影响T1

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-8 20:00:16

本帖最后由王采岑于 2020-10-8 20:27 编辑

wzkchem5 发表于 2020-10-8 18:52
取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结 ...

同理论级别的计算
C:\Users\DELL\Desktop\屏幕截图 2020-10-08 195640
S0优化我用的# opt oniom(b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity。算S1和S3用的# oniom(td=(50-50,nstates=7)/b3lyp/6-311g(d):uff=qeq)=embedcharge geom=connectivity
计算结果和文献结果差距还挺大的，不知道哪里出了问题。增大MM层的分子数后，结果差的反而更大了。
然后现在正在尝试换成拟合静电势电荷，但是我觉得就算qeq描述的没那么好，也不至于差这么大吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-8 18:52:04

王采岑发表于 2020-10-8 16:41
好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个 ...

取决于你的计算目的，如果是算吸收，不优化；如果是算发射，需要优化。
“比文献结果小0.8eV”的文献结果是实验，还是和你同样理论级别的计算，或者是和你理论级别不同的计算？

王采岑 · 发表于 Post on 2020-10-8 16:41:01

本帖最后由王采岑于 2020-10-8 16:45 编辑

liyuanfu7 发表于 2020-10-5 10:18
1.这些关键词是用来优化S1并计算10个单重态，并且，应该将/Auto去掉，它不能用于杂化泛函，上面社长已经 ...

好的，十分感谢。我没有激活码，只是offline激活，有些功能不能用，不过我找到扩胞的地方了。
还有一个问题想请教，就是你计算的时候，已经优化好了S0，S1的计算是在优化好的S0基础上，又优化计算激发态吗？我是在优化好了的S0的基础上，直接计算的S1，没有优化，比文献结果小了0.8eV。看了你的帖子之后，优化计算S1，结果小的更大。想问S1计算激发能时，需要优化吗？

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[Gaussian/gview] 用ONIOM优化计算激发态问题