请教：大分子比如聚合物的亲疏水性能否用logP来描述？

ggshining · 发表于 Post on 2019-6-20 12:21:54

请教一下：能否用logP来描述大分子（如聚合物或晶体等）的亲疏水性呢？或者有没有其他什么参数或者性质可以用来描述大分子的亲疏水性呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-21 10:52:36

ggshining 发表于 2019-6-21 09:22
谢谢sob老师的解答

那比如说晶体这种周期性的结构，在高斯中用不同溶剂环境中的自由能差来算logP是否 ...

Gaussian里根本没法在做PBC的时候考虑溶剂模型
目前Multiwfn不支持周期性体系的波函数分析，对于周期性体系只能做纯粹依赖于结构的分析

ggshining · 发表于 Post on 2019-6-21 09:22:43

sobereva 发表于 2019-6-21 00:15
可以作为对整体的亲水性和疏水性的衡量

也可以讨论极性和非极性部分对SASA的贡献（用比如GROMACS的sas工 ...

谢谢sob老师的解答

那比如说晶体这种周期性的结构，在高斯中用不同溶剂环境中的自由能差来算logP是否不妥？（都说高斯计算周期性体系能力较弱，无奈不会vasp，想着用高斯解决）

同样的，用Multiwfn分析周期性结构是否也比较弱？（不知道我说的对不对，请老师指教）

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-21 00:15:12

可以作为对整体的亲水性和疏水性的衡量

也可以讨论极性和非极性部分对SASA的贡献（用比如GROMACS的sas工具可以实现）、用Multiwfn计算分子范德华表面上静电势绝对值较大和较小区域的面积的相对比例或者静电势的方差（参考《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布http://sobereva.com/196）等等

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[综合交流] 请教：大分子比如聚合物的亲疏水性能否用logP来描述？

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