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本帖最后由 yaochuang 于 2015-6-30 09:31 编辑
最近一直在摸索利用Gromacs和ORCA结合做QMMM，但是遇到一些问题，请大家帮忙看看，先在这里谢谢了！
Gromacs和ORCA连用安装
1：安装ORCA
2：自行安装FFTW到software/fftw334文件夹，并且执行export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/gentai/software/fftw334
3：安装gromacs
tar -zxf gromacs-5.0.tar.gz解压之，进入Gromacs的解压目录
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/gentai/software/gromacs504 -DGMX_QMMM_PROGRAM=ORCA
make -j //-j代表调用所有核并行编译
make install
设置环境变量 export PATH=/home/gentai/software/gromacs51/bin:$PATH
计算过程：
设置环境变量，并且建立QM计算部分的md-qmmm.ORCAINFO文件
export GMX_QM_ORCA_BASENAME=md-qmmm ;.tpr 文件的前缀, 用于Orca计算的输入和输出文件名
export GMX_ORCA_PATH=/home/gentai/software/ORCA/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca ;指定orca的绝对路径
这是用到的mdp文件：
md-qmmm.mdp
(2.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)
这是用到的ORCAINFO文件：
md-qmmm.ORCAINFO
(37 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 67)
利用这些计算能够顺利进行，但是我发现在ORCA计算的过程中仅仅用到了从Gromacs传递过来的QM部分原子的坐标，并没有用到Gromacs中的MM部分的电荷或范德华力对QM部分的影响。
这很有可能是md-qmmm.ORCAINFO文件中我没有指定这两个文件参数：
# file containing the Lennard Jones coefficients for the Lennard-Jones interaction
%LJCoefficients "temp.LJ"
# file containing the point charges for the electrostatic interaction
%pointcharges "temp.pc"
但是这两个文件我要怎样才能得到呢？应该不会每一步都要自己写吧？ （并且在ORCA Manul中我也没有找到这两个文件的格式）
谢谢了！
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发表于 Post on 2015-6-30 09:26:55
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