GMX提取某帧构象及速度续跑

mol · 发表于 Post on 2015-7-1 09:15:37

我一开始跑了个0-50ns的动力学，现在想提取20ns时的构象和速度重新跑一下后半段，增加采样数目。
用命令：grompp -f new.mdp -c 20ns.gro -p test.top -t traj.trr -time 20000 -o new.tpr
mdp里面只修改了nstxtcout，然后gen_vel设置为了no，增加了unconstrained=yes, tinit=20000
但是重复不出来之前的结果了，求帮助

kunkun · 发表于 Post on 2015-7-1 11:56:10

重复不出来。。习惯了，多跑几次结果能接受范围就好了..

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-1 10:56:58

重复不出来是正常的。因为分子动力学有混沌效应，完全一样的输入文件在并行下都不会跑出相同的轨迹。而你在跑后20ns的时候，又引入了其它的因素，所以肯定不可能重复不出来。
可参考此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

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[GROMACS] GMX提取某帧构象及速度续跑