求助：含非标准氨基酸蛋白质的分子动力学在去约束的能量优化时1-4 EEL出现一串****...

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-12 13:07:04

构建非标椎氨基酸残基：首先通过Multiwfn计算RESP电荷，然后在xleap中载入非标准氨基酸的原子类型以及电荷信息，保存出 .lib文件和.pdb文件。随后制作蛋白的拓扑文件，其结果
为Exiting LEaP: Errors = 0; Warnings = 12; Notes = 2。大致如下，完整的见附件leap.out。

得到拓扑文件后，开始优化体系，在约束溶质的能量优化过程中没有什么问题。在进行去约束的能量优化时被中断， .out文件中150步到200步 1-4 EEL
项由-14430.7503猛降到-6397424.8030，随后该项均出现*************（具体out文件见附件min2.out文件中）。我知道出现一串星号表示数值太大
或太小导致无法显示，那么请问为什么会导致这种情况以及如何解决？

附件：

leap.out (6.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

min2.out (18.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

hyr95 · 发表于 Post on 2020-4-10 23:22:32

楼主，请问你当时怎么解决的？我也出现了同样的问题。

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-13 13:00:58

agent99 发表于 2019-7-13 03:28
你的系统带14个负电荷？然后出问题的能量项是1-4静电。仔细检查一下电荷吧，可能有些原子的电荷有问题

后面改电荷了，还是不行

agent99 · 发表于 Post on 2019-7-13 03:28:14

你的系统带14个负电荷？然后出问题的能量项是1-4静电。仔细检查一下电荷吧，可能有些原子的电荷有问题

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-7-12 20:58:11

beyond 发表于 2019-7-12 19:29
像这种情况，一般都是起始结构有很严重的bad contacts，建议好好检查一下你的结构

感谢，我去看看

beyond · 发表于 Post on 2019-7-12 19:29:54

像这种情况，一般都是起始结构有很严重的bad contacts，建议好好检查一下你的结构

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