求助：gromacs的*.mdp中的constrains = h-bonds在lammps中怎么等效

wh.shen

我想做gromacs和lammps在相同参数的时候两者的键长键角分布的一个对比，对与其中参数的转化还有些问题，请教大家。
下面是gromacs的*.mdp

1. ;title                  = FWS
   
2. ;cpp                    = /usr/bin/cpp
   
3. constraints            = hbonds
   
4. constraint_algorithm   = LINCS
   
5. lincs_order            = 4
   
6. ;shake_tol              = 0.0001
   
7. comm_mode              = Linear
   
8. comm_grps              = Protein Non-protein
   
9. integrator             = md
   
10. dt                     = 0.002 ; ps !
    
11. nsteps                 = 2500000 ; total 20000 ps.
    
12. nstcomm                = 10
    
13. nstxout                = 5000 ; collect data every 10 ps
    
14. nstenergy              = 5000
    
15. nstvout                = 5000
    
16. nstlog                 = 5000
    
17. nstxtcout              = 500
    
18. xtc_grps               = non-water
    
19. nstfout                = 0
    
20. nstlist                = 10
    
21. ns_type                = grid
    
22. rlist                  = 1.0
    
23. ; Electrostatics
    
24. coulombtype              = PME
    
25. rcoulomb                 = 1
    
26. ; van der Waals
    
27. vdw-type                 = switch
    
28. rvdw-switch              = 0.8
    
29. rvdw                     = 1.0
    
30. fourierspacing         = 0.12
    
31. fourier_nx             = 0
    
32. fourier_ny             = 0
    
33. fourier_nz             = 0
    
34. pme_order              = 4
    
35. ewald_rtol             = 1e-5
    
36. optimize_fft           = yes
    
37. energygrps             = SOL protein
    
38. ; Berendsen temperature coupling is on in two groups
    
39. Tcoupl                 = v-rescale ;nose-hoover
    
40. tau_t                  = 0.5 0.5
    
41. tc-grps                = Protein Non-protein
    
42. ref_t                  = 300 300
    
43. ; Pressure coupling is on
    
44. Pcoupl                 = no
    
45. tau_p                  = 1.0
    
46. compressibility        = 4.5e-5
    
47. ref_p                  = 1.0
    
48. refcoord_scaling       = com
    
49. ; Generate velocites is on at 300 K.
    
50. gen_vel                = yes
    
51. gen_temp               = 300.0
    
52. gen_seed               = -1

复制代码

下面是lammps的in.*文件

1. # Generated with Gro2lam
   
2. 
   
3. units real
   
4. boundary p p p
   
5. atom_style full
   
6. 
   
7. atom_modify map array
   
8. pair_style lj/cut/coul/cut 8.5 10
   
9. bond_style harmonic
   
10. angle_style harmonic
    
11. dihedral_style charmm
    
12. improper_style cvff
    
13. 
    
14. read_data /home/wenhui/GRO2LAM/GRO2LAM-1.0.1/Examples/silk2/helpissue/g2l_dir/data.gro2lam
    
15. 
    
16. neighbor 1.9 bin
    
17. special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.8333
    
18. pair_modify shift no tail yes mix arithmetic
    
19. neigh_modify every 1 delay 1 check yes
    
20. 
    
21. group protein id 1:13844
    
22. 
    
23. timestep 0.1
    
24. 
    
25. 
    
26. thermo 10
    
27. thermo_style custom step temp press vol epair emol etotal enthalpy
    
28. 
    
29. velocity all create 300 1234567 rot yes dist gaussian
    
30. 
    
31. 
    
32. fix nve_name1 all nve
    
33. run 100000
    
34. unfix nve_name1
    
35. 
    
36. fix freez protein freez
    
37. fix nvt_name1 all nvt temp 300 299 100
    
38. run 4000000
    
39. unfix nvt_name1
    
40. unfix freez
    
41. 
    
42. ### Equilibration Run ###
    
43. velocity        all create 300 173529 dist gaussian
    
44. dump                equil all atom 100000 dump.atom
    
45. fix                1 all nve
    
46. run                50000000
    
47. 
    
48. write_restart        equil.restart
    
49. undump                equil
    

复制代码

请教大家基于gromacs 的命令参数在lammps的in.*文件中还需要哪些修改？比较疑惑的一点是氢键约束在lammps中怎么表示？
请教@sobereva 老师

DOUKUN

给你一个文章，你可以看看，From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM. A converter for molecular dynamics software我也刚开始做gromacs转lammps的，方便的话，以后可以常交流此方面。doi:10.1007/s00894-019-4011-x

sobereva

wh.shen 发表于 2019-7-18 22:59
好的，sob老师
我用gromacs建立了周期边界的一个模型，需要对这个模型进行加载，但是由于gromacs没有办 ...

干脆别用h-bonds约束就完了。只不过此时需要用1fs步长

wh.shen

sobereva 发表于 2019-7-18 20:44
我不用lammps，请勿at
做这个对比有什么实际意义？gmx模拟蛋白质的结果是毋庸置疑地非常可靠，用着更方便 ...

好的，sob老师
我用gromacs建立了周期边界的一个模型，需要对这个模型进行加载，但是由于gromacs没有办法使加载的同时盒子也发生变形，而lammps中提供了这种周期性模型的加载方式，所以我用gro2lam这个软件将gromacs的模型转换为lammps类型，然后需要简单的检验一下这两种模型是否等效，所以出现了我的问题。

sobereva

我不用lammps，请勿at
做这个对比有什么实际意义？gmx模拟蛋白质的结果是毋庸置疑地非常可靠，用着更方便，速度还快得多得多。俩程序力场相同时，原理上是可以跑出相同结果的（之前有人把amber力场弄到Lammps里，和Amber程序进行对比，也是模拟蛋白质，结果高度一致）。