vmd中以dynamic bonds形式识别不了氢原子与氢原子成键，是软件的bug吗

fsh

测试了一下，将H2分子的pdb文件和O2分子的pdb文件分别导入vmd中，都以dynamic bonds形式显示，调整成键阈值，氧气的情况是正常的，但对氢气分子怎么调节阈值都没有显示原子，虽然CPK形式是可以显示成键的，但是我在进行一个MD模拟计算过程中，体系中间会生成氢气分子，我在播放轨迹时想让成键和断键动态显示，就遇到问题了，以dynamic bonds形式显示，调节成键阈值始终无法使两个H原子成键，H原子会在动力学过程中突然不可见（一开始H是和其他原子成键，MD模拟中间过程断键形成H2，突然不可见也就是因为此），但H-H之间却始终不成键。

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我现在不能用谷歌，找不到原文在哪了。这可能是保存下来的一小段，你要用就看着改吧。

1. # Pickbond
   
2. # Author: Justin Gullingsrud
   
3. # Date: 11 January, 2001
   
4. # Compatible VMD versions: Post-1.6; i.e, anything built after the above
   
5. #    date ;-)  You can rewrite the delbond and addbond procs below to reflect
   
6. #    the current state of VMD's bond changing API; it's undergone a bit of flux.
   
7. 
   
8. 
   
9. # This is a script to allow users to add or delete bonds by picking atoms
   
10. # with the mouse.  Type "pickbond add" at the text console, and now picking
    
11. # pairs of atoms will result a new bond being created between them.
    
12. # "pickbond del" will cause bonds between picked pairs of atoms to be
    
13. # deleted.  "pickbond stop" ceases all pickbond behavior.
    
14. 
    
15. 
    
16. proc delbond { molid atom1 atom2 } {
    
17.   if { $atom1 > $atom2 } {
    
18.     set tmp $atom1
    
19.     set atom1 $atom2
    
20.     set atom2 $tmp
    
21.   }
    
22.   set sel [atomselect $molid "index $atom1 $atom2"]
    
23.   lassign [$sel getbonds] bond1 bond2
    
24.   
    
25.   set id [lsearch -exact $bond1 $atom2]
    
26.   if { $id != -1 } {
    
27.     set bond1 [lreplace $bond1 $id $id ]
    
28.   }
    
29.   set id [lsearch -exact $bond2 $atom1]
    
30.   if { $id != -1 } {
    
31.     set bond2 [lreplace $bond2 $id $id ]
    
32.   }
    
33.   $sel setbonds [list $bond1 $bond2]
    
34.   $sel delete
    
35. }
    
36. 
    
37. proc addbond { molid atom1 atom2 } {
    
38.   if {$atom1 == $atom2 } {
    
39.     #error "cannot bond an atom to itself"
    
40.     return
    
41.   }
    
42.   if { $atom1 > $atom2 } {
    
43.     set tmp $atom1
    
44.     set atom1 $atom2
    
45.     set atom2 $tmp
    
46.   }
    
47.   set sel [atomselect $molid "index $atom1 $atom2"]
    
48.   lassign [$sel getbonds] bond1 bond2
    
49. 
    
50.   set id [lsearch -exact $bond1 $atom2]
    
51.   if { $id == -1 } {
    
52.     lappend bond1 $atom2
    
53.   }
    
54.   set id [lsearch -exact $bond2 $atom1]
    
55.   if { $id == -1 } {
    
56.     lappend bond2 $atom1
    
57.   }
    
58.   $sel setbonds [list $bond1 $bond2]
    
59.   $sel delete
    
60. }
    
61. 
    
62. # set this proc to trace on vmd_pick_atom
    
63. 
    
64. set pickbond_molid -1
    
65. set pickbond_atom1 -1
    
66. set pickbond_proc addbond
    
67. 
    
68. proc pickbond_trace { name1 name2 op } {
    
69.   global pickbond_proc pickbond_molid pickbond_atom1 vmd_pick_mol vmd_pick_atom
    
70. 
    
71.   if { $pickbond_molid == -1 } {
    
72.     # this is the first atom
    
73.     set pickbond_molid $vmd_pick_mol
    
74.     set pickbond_atom1 $vmd_pick_atom
    
75.   } else {
    
76.     # we have two atoms: call the proc
    
77.     catch {$pickbond_proc $pickbond_molid $pickbond_atom1 $vmd_pick_atom}
    
78.     set pickbond_molid -1
    
79.     set pickbond_atom1 -1
    
80.   }
    
81. }
    
82. 
    
83.       
    
84. #
    
85. # pickbond [add | del | stop ]
    
86. #
    
87. proc pickbond { op } {
    
88.   global pickbond_molid pickbond_atom1 pickbond_proc
    
89. 
    
90.   set pickbond_molid -1
    
91.   set pickbond_atom1 -1
    
92. 
    
93.   uplevel {trace vdelete vmd_pick_atom w pickbond_trace}
    
94. 
    
95.   if { $op == "add" } {
    
96.     set pickbond_proc addbond
    
97.     uplevel {trace variable vmd_pick_atom w pickbond_trace}
    
98.   } elseif { $op == "del" } {
    
99.     set pickbond_proc delbond
    
100.     uplevel {trace variable vmd_pick_atom w pickbond_trace}
     
101.   } elseif { $op == "stop" } {
     
102.     puts "No more pickbond"
     
103.   } else {
     
104.     error "Unknown option: choose one of add, del, or stop"
     
105.   }
     
106. }

复制代码

huangyoyo

fsh 发表于 2019-8-18 18:20
好的，谢谢老师

请问回调函数怎么写？我也是需要观察氢气的生成。

fsh

sobereva 发表于 2019-8-16 07:12
dynamic bonds对H-H应当是不奏效，至少对于1.9.3版而言

这种情况可以自己创建个回调函数，每次帧号变化 ...

好的，谢谢老师

sobereva

dynamic bonds对H-H应当是不奏效，至少对于1.9.3版而言

这种情况可以自己创建个回调函数，每次帧号变化的时候，就自动用回调函数执行mol bondsrecalc all; topo retypebonds，就会重新根据距离判断成键。这时候用CPK就可以了