Fermi-Softness-for-VASP：VASP计算费米软度的脚本

linqiaosong · 发表于 Post on 2019-8-18 14:17:09

本帖最后由 linqiaosong 于 2021-11-14 23:43 编辑

Fermi-Softness-for-VASP：VASP计算费米软度的脚本

最近更新了一个处理VASP结果得到总费米软度，简缩费米软度和局域费米软度的脚本，基本上可以实现费米软度的计算了。
这个脚本和使用教程可以从以下网站获得：
Fermi-Softness-for-VASP: A script dealing with VASP result for calculating fermi-softness (github.com)

关于什么是费米软度，实际上是用于衡量表面活性的一个反应性指标，具体的内容可以参看下面的参考文献：
B. Huang, L. Xiao, J. Lu, L. Zhuang, Angew. Chem. Int. Ed. 2016, 55, 6239 –6243 出版商处原文

使用这个脚本需要预先安装:

Anaconda3 (Python >= 3.8.5)：下载地址
ASE：安装方法
bader：官方主页
vaspkit 1.3：安装方法

暂时只测试了VASP 5.4.4版本和vaspkit 1.3版本可以兼容，其它版本是否兼容尚不明确。

附件是参考教程，仅供参考。

QE和CP2K的费米软度脚本最近也会推出。

abite · 发表于 Post on 2021-11-15 10:07:30

linqiaosong 发表于 2021-11-14 23:25
我想应该是python3版本不同导致pathlib库出现了点问题，我用的python 3.8.5
如果正常生成了LFS.cube文件 ...

好的，谢谢

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-11-14 23:25:29

本帖最后由 linqiaosong 于 2021-11-14 23:27 编辑

abite 发表于 2021-11-14 12:13
谢谢你的回复，intermediate_file_options改了以后可以运行了，最后还有一个错误，我不知道这样[/backcol ...

我想应该是python3版本不同导致pathlib库出现了点问题，我用的python 3.8.5
如果正常生成了LFS.cube文件，那就不用管它了

abite · 发表于 Post on 2021-11-14 12:13:20

linqiaosong 发表于 2021-11-12 10:23
我这里测试Pt3Y的例子是正常的，试一下把脚本更新到最新版本，如果不行试试把intermediate_file_options ...

谢谢你的回复，intermediate_file_options改了以后可以运行了，最后还有一个错误，我不知道这样有没有跑完计算分析过程。

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-11-12 10:23:57

abite 发表于 2021-11-10 17:41
试了一下PtY的例子，结果报错如下是什么原因呢？vaspkit、bader和ase都装了。
Traceback (most recent c ...

我这里测试Pt3Y的例子是正常的，试一下把脚本更新到最新版本，如果不行试试把intermediate_file_options改为True

abite · 发表于 Post on 2021-11-10 17:41:30

linqiaosong 发表于 2021-11-9 20:59
是的

试了一下PtY的例子，结果报错如下是什么原因呢？vaspkit、bader和ase都装了。
Traceback (most recent call last):
  File "runfs.py", line 454, in <module>
run_fs(kbT,dfdd_threshold,band_gap,intermediate_file_options,bader_dir,vaspkit_dir)
  File "runfs.py", line 395, in run_fs
fs,atoms=calc_lfs(para,kbT,dfdd_threshold,intermediate_file_options,vaspkit_dir)
  File "runfs.py", line 265, in calc_lfs
q.unlink(True)
TypeError: unlink() takes 1 positional argument but 2 were given

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-11-9 20:59:19

abite 发表于 2021-11-9 17:03
你好，想问一下非自洽计算的时候就是读取CHGCAR然后写WAVECAR就可以吗，需要计算其它性质吗？

是的

abite · 发表于 Post on 2021-11-9 17:03:05

你好，想问一下非自洽计算的时候就是读取CHGCAR然后写WAVECAR就可以吗，需要计算其它性质吗？

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-10-13 23:09:03

Para1lel 发表于 2021-10-13 15:20
如果把这个地方改成具体文件名，脚本可以正常运行了。
比如ISPIN=1的时候把*去掉。
ISPIN=2的时候， ...

做了如下更新，最近网不好，GitHub同步不上去，暂时还没有同步代码

Para1lel · 发表于 Post on 2021-10-13 15:20:20

linqiaosong 发表于 2021-10-12 10:51
get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...

如果把这个地方改成具体文件名，脚本可以正常运行了。
比如ISPIN=1的时候把*去掉。
ISPIN=2的时候，改成_UP, _DW.
但是用通配符*的话就报错了。

Para1lel · 发表于 Post on 2021-10-13 15:17:53

linqiaosong 发表于 2021-10-12 10:51
get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...

261行这个地方的*通配符好像读取不了，python总是把它当具体字符了。

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-10-12 10:51:49

Para1lel 发表于 2021-10-12 09:08
新脚本好像还是有问题，重复您的例子出现NameError: name 'ispin' is not defined

get_paraments函数里面
# get ispin下面的
spin=...
应该是ispin=...
应该是我不小心把变量名前面的i给搞掉了，改过来就行了

Para1lel · 发表于 Post on 2021-10-12 09:08:48

linqiaosong 发表于 2021-10-6 23:09
新脚本已更新

新脚本好像还是有问题，重复您的例子出现NameError: name 'ispin' is not defined

linqiaosong · 发表于 Post on 2021-10-6 23:09:46

本帖最后由 linqiaosong 于 2021-10-6 23:26 编辑

Para1lel 发表于 2021-9-16 21:04
我试了一下，设置ISPIN=2的话，脚本显示的是ISPIN=80，设置ISPIN=1的话，脚本显示的是11.

新脚本已更新

Para1lel · 发表于 Post on 2021-9-16 21:04:40

我试了一下，设置ISPIN=2的话，脚本显示的是ISPIN=80，设置ISPIN=1的话，脚本显示的是11.

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