求助：请问我能量最小化时出现这样的错误是怎么回事，可以怎么修改进行呢？

西南向北

求助求助：gromacs新手，我将我的矿物体系grompp 以后，然后进行能量最小化；
使用的.mdp文件如下
; energy minimization
define          = -DFLEXIBLE    ;

;
integrator      = steep         ;
emtol           = 500.0         ; (kJ mol^-1^ nm^-1^)
emstep          = 0.01          ; (nm)
nsteps          = 50000         ;
nstenergy       = 5             ;
energygrps      = System        ;

;
nstlist         = 5             ;
ns_type         = grid          ; (simple or grid)
coulombtype     = PME           ;
rlist           = 1.2           ;
rcoulomb        = 1.2           ;
vdwtype         = cut-off       ;
rvdw            = 1.2           ;
constraints     = all-bonds     ;
pbc             = xyz           ;
但是很快就结束了，会出现以下问题：
eading file em.tpr, VERSION 4.6.5 (single precision)

Will use 16 particle-particle and 4 PME only nodes
This is a guess, check the performance at the end of the log file
Using 20 MPI threads

Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  5.00000e+02
   Number of steps    =        50000
Segmentation fault (core dumped)ot=         -nan Fmax= 2.80435e+07, atom= 5030
请问 该怎么办呢？

Reallihua

您好，请问您解决了这个问题了嘛。我也遇到了类似的问题

sobereva

绝对不要用all-bonds，本论坛里我说过多遍。去了再试
仔细检查结构和拓扑文件判断是否有不合理性，如果死活看不出来问题，用双精度版gmx做em再试

西南向北

我也进行过更改 emstep nsteps 但是之后仍会出现这样的情况