多肽抑制TasA淀粉样蛋白自组装，该进行哪方面的计算？

hddonghao

本人小白一个，打算做多肽抑制剂在TasA淀粉样蛋白自组装上的抑制，TasA是一个大蛋白，含有210个氨基酸，现报道了其单体下的PDB结构，但仍无纤维结构的报道。TasA是一个非典型的淀粉样蛋白（无典型淀粉样蛋白的重复序列，如Ab，Amylin等），加之无纤维结构进行报道，因此，无法用伞形抽样的方法来研究。现只能考虑到做多肽和单体TasA的亲和研究，研究其结合位点，如果想探究TasA组装规律，以及多肽在其组装中的作用，利用GMX分子动力学，可以做哪些方面的研究呢？求指教。