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[GROMACS] 求助: 如何消除NPT混合物体系中的气泡(大缝隙)

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这是我的压力耦合参数:
; Pressure coupling
pcoupl              = berendsen
pcoupltype               = semiisotropic
nstpcouple               = -1
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau-p                    = 4.0
compressibility          = 0 4.5e-5
ref_p                    = 1.0 1.0


听说加大compressibility可以增加压缩效率,但我的体系加大这个参数就会报错(氢原子不稳定会飞走)

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发表于 Post on 2019-9-26 04:10:51 | 只看该作者 Only view this author
amagi 发表于 2019-9-25 09:31
老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

位置限制体现在拓扑文件里,手册里搜position restraint
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 09:31:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 03:01
别在compressibility上做文章,加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了free ...

老师限制势方式是不是在mdp里设置position restrained呀
我一直用的是在mdp里写freeze group

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发表于 Post on 2019-9-25 03:01:31 | 只看该作者 Only view this author
别在compressibility上做文章,加快控压还不如改小tau-p
另外注意检查初始结构。如果对低层石墨烯用了freeze,建议改成限制势方式固定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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