求助：leap自动键连如何消除

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-9-28 23:46:38

为一个超级复杂的多肽搭建分子动力学立场多肽中有两组桥连形成内环，且都是非标准氨基酸，只能自己搭建力场，我把两组力场都搭建完成后运行tleap

它提示出现了许多非正常距离的键长，但是没有给我是哪两个原子之间的
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 6.413129 angstroms between:
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 9.451063 angstroms between:
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 3.084539 angstroms between:
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 3.432854 angstroms between:
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 3.059956 angstroms between:
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Warning!
There is a bond of 11.831135 angstroms between:

（部分，更多的就不展示了）

其次出现了许多未知的键角力场参缺失，但是我所有的S都是做在自定义的力场AAA和BBB中，其中一组包含S的缺失显然不是由于力场错误导致的，而可能就是之前那些奇怪的键连导致的
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - C - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - CT - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - C - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - CT - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - C - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: N - CT - S
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: O2 - C - N
/home/apps/chem/amber18/bin/teLeap: Error!
Could not find angle parameter: O2 - C - N

求助：
1. tleap报错如何纠正，是否能继续下去
2. 这样的力场搭建方式是否可行（因为一般的共价结合搭建力场都是在一个氨基酸上做修饰，但这个桥连是在两个氨基酸之间连接，如果两个氨基酸一起取出来做力场就需要像“工”字形一样人为bond四个地方，这样就不得不打断原有的氨基酸序列形成间隔，这时如果leap自动把跳开的两个残基键连就会产生一些奇怪的键长）

陈丢丢 · 发表于 Post on 2023-2-14 17:05:56

DoubeeTwT 发表于 2019-10-11 10:03
哦！太感谢了！！！！

我想请问下两个问题，（1）tleap后报错，说没有这些键的参数，是如何确定这个键或者这个角是哪个氨基酸上的原子？（2）我看了您的BBB.mol2文件，是通过看哪个参数看出来N2-C2键长有12埃？我把这个文件拉进pymol，显示是1.4埃，谢谢！

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-10-11 10:03:54

beyond 发表于 2019-10-9 18:02
稍微看了一下，发现你的mol2文件中的bond有一些错误，如BBB中键2 - 4 对应N2 - C2长度是12A多，那些长键 ...

哦！太感谢了！！！！

beyond · 发表于 Post on 2019-10-9 18:02:21

DoubeeTwT 发表于 2019-10-9 16:27
非常感谢您的回答，如果是补充键的信息我也知道，问题在于出现了不少不应该出现的键角和键长。
也就是说 ...

稍微看了一下，发现你的mol2文件中的bond有一些错误，如BBB中键2 - 4 对应N2 - C2长度是12A多，那些长键的信息，就是来自这里。你再检查检查你的mol2文件吧.

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-10-9 16:27:44

嘟比妹妹发表于 2019-10-7 16:11
如图

非常感谢您的回答，如果是补充键的信息我也知道，问题在于出现了不少不应该出现的键角和键长。
也就是说，你补的这个键角理论上不应该由我来补充，要么是AMBER没有识别出来要么就是这里错误成键，如果不加以甄别只是把缺失的信息补上是可以成功tleap但是其实拓扑关系是错误的，继续计算没有意义。
我比较在意的是为什么会出现这个错误。。。。。。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-8 07:36:50

对这个问题我暂时没时间细看，可以把缺的参数在Google里搜，如果有就拿来用；或者看看GAFF里有没有能借用的；还不行就量化优化一下结构，扫一下键角势能曲线，把平衡键角和力常数补进去

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-10-7 16:11:28

嘟比妹妹发表于 2019-10-7 15:53
原理我不太懂，操作的话，我把你的pdb文件放在viewer pro里面测量了精氨酸N-C-N的角度，然后把参数补充到fr ...

如图

嘟比妹妹 · 发表于 Post on 2019-10-7 15:53:48

原理我不太懂，操作的话，我把你的pdb文件放在viewer pro里面测量了精氨酸N-C-N的角度，然后把参数补充到frcmod文件中，再次运行leap.sh,得到的out文件少了3个错误。按照该操作过程，找到其他的参数，就不会有Error了。

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