关于gromacs2019模拟膜和膜蛋白力场选择的问题

土拔鼠

请教一下各位老师，从认可程度和便利性两个角度，下面这种体系在gromacs2019下用什么力场比较好

体系包括 膜蛋白 磷脂组成的膜 NaCl
和一个不含蛋白的对照体系 组成就只有膜 NaCl

1. 我想用OPLSAA的力场 不知道是否可行
2. 我之前在进行蛋白/小分子体系用的是Gromos54A7 这个力场为什么在新版本里会出现警报 我读了一下警报内容我不是很理解 是这个力场有什么问题吗？
3. 还有一个问题 Gromacs模拟酸性和碱性溶剂环境对蛋白的影响 从蛋白角度可以通过指认氨基酸质子化状态去进行模拟 如果从溶剂角度，比如水环境下改如何设置分子去近似体现酸碱环境呢？Amber里constant pH 在gromacs是不是没有办法实现

谢谢老师

sobereva

ezez 发表于 2019-11-24 22:43
看了膜蛋白的MD文章，一般用CHARMM力场的多～

用较新的GROMOS96描述蛋白，结合兼容GROMOS的磷脂力场如Kukol、Poger以及最近提出的54A8_v1，效果还是不错的，而且比起用CHARMM一大好处是GROMOS是联合原子力场，对于这种烃链多的体系原子数能少很多，节约时间

ezez

看了膜蛋白的MD文章，一般用CHARMM力场的多～

sobereva

Amber的常pH有早期完全依赖于GB的，也有后来的显式溶剂+GB混合的（J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1341），哪个都脱离不了GB
不依赖于GB的倒是有诸如NAMD那种的实现（J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 5933），但不属于LZ提到的Amber的常pH

wuzhiyi

gmx的开发者有说争取在2021版加入lambda-dynamics的cpHMD 这样就不需要隐式溶剂模型了 而且退一万步讲 算质子化状态用GB模型不考虑水的作用算什么神仙逻辑

土拔鼠

bobosiji 发表于 2019-10-6 09:52
我想用OPLSAA的力场 不知道是否可行: 社长建议很好，最好不要用这个。你查查模拟类似体系的文章，看看人家 ...

谢谢谢谢

土拔鼠

sobereva 发表于 2019-10-6 07:02
1 不推荐OPLS-AA。此力场模拟蛋白质不如很多其它主流力场（至少对于gmx自带的版本而言）。何况OPLS-AA也不 ...

谢谢sob老师

bobosiji

我想用OPLSAA的力场 不知道是否可行: 社长建议很好，最好不要用这个。你查查模拟类似体系的文章，看看人家用啥力场。CHARMM，Amber力场用的人很多，gmx也都能用。

sobereva

1 不推荐OPLS-AA。此力场模拟蛋白质不如很多其它主流力场（至少对于gmx自带的版本而言）。何况OPLS-AA也不直接支持磷脂。
2 直接忽略warning，开发者小题大做而已
3 gmx不支持Amber的contant pH，未来也不太可能支持，因为gmx把隐式溶剂模型都给砍了。pH不从溶剂角度体现。