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[Lammps] 如何获得data文件中所需的角信息?

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Level 1 能力者

大家好,我是lammps初学者,想模拟一些玻璃体系的性质。根据一些文献中玻璃初始结构的建立往往是“随机的原子放在立方体盒子内”,参见。


我是通过MS里的AC模块,将我所需的原子比例混合导出了一个需要的非晶态格子,因为初期测试,所以只用了47个原子。(听说packmol也可以做这样工作?不知道两者比起来孰优孰劣?)
然后通过查阅本论坛和其他一些信息,我知道得出data文件的方法有:
1.在MS中用discover的cvff力场算一下,再导出car文件,再用msi2lmp转换。
但,我的体系含有F,cvff力场计算总是失败,提示“Failed to add energy server contribution to the Job.
Failed to prepare structure for a forcefield based calculation.
The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 7 atoms.
The charging engine has failed to calculate a charge for 7 atoms.”(这7个原子就是F,构建AC时如果选用cvff力场也无法成功构建)
2.在VMD中topo命令得到键角,参考该帖子:http://bbs.keinsci.com/thread-1666-1-1.html
但是也无法得出键角。

所以想请问一下还有什么方法给data文件引入键角,谢谢各位!

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Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2020-7-30 10:11:39 | 只看该作者 Only view this author
1、我一般的操作是:Modules----AC----Energy,选择‘forcefield’其中的一个力场,点击后边的‘more’,自己去找合适的原子力场参数,例:我的体系里有碳纳米管,在cvff力场中,有一个“cp”(描述:carbon,SP2,aromatic,with partial double bonds),很符合碳纳米管上C的类型,于是,我就选中体系中的所有C原子,在“Properties”工具框中,将其“forcefield”改为cp。这样就可以直接导出.car文件,然后msi2lmp导出data文件。我看了一下cvff力场中没有F的信息,估计不能用cvff模拟F原子,在compass力场中,有F原子的描述。
2、参考下这个帖子吧,http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html

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发表于 Post on 2020-7-30 09:35:54 | 只看该作者 Only view this author
请问您的问题解决了吗?我也遇到相似的问题

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发表于 Post on 2020-1-9 11:35:56 | 只看该作者 Only view this author
请问您的问题解决了吗?我最近也遇到了相关的问题,想和您交流一下

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