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[VMD] VMD的氢键分析插件输入求助

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各位大神,小弟正在用VMD分析插件研究计算体系氢键,但具体参数不知道怎么输入,代表的什么意思,还有图片中的错误提示表示什么意思啊?

VMD计算氢键.JPG (250.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

计算氢键

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发表于 Post on 2022-1-22 17:09:48 | 只看该作者 Only view this author
hangmint 发表于 2022-1-11 10:16
sob老师,您好,如果我想找到氢键涉及的原子该怎么做呢?

gmx hbond可以把两个组之间曾经形成过氢键的原子序号给出来
用VMD需要自己写tcl脚本,10行以内足够实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-11 10:16:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,如果我想找到氢键涉及的原子该怎么做呢?

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发表于 Post on 2021-12-24 02:51:20 | 只看该作者 Only view this author
WB1040720479 发表于 2021-12-7 17:09
请问一下,selections应该如何设置呀?

找两个组之间的氢键就分别输入两个没有交集的选择语句在selection1和selection2里,找某个组内的氢键就只设selection 1。语法我已经回复过了
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发表于 Post on 2021-12-7 17:09:21 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,selections应该如何设置呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-14 08:28:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-13 13:43
仔细看此文了解选择语句的语法
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.kei ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-10-13 13:43:07 | 只看该作者 Only view this author
仔细看此文了解选择语句的语法
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html


路径别有中文,以免乱七八糟麻烦

还不行把plot data with...复选框取消再试


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