gromacs 2019做把小分子拉进膜的PMF模拟报错求助

amagi

我想把小分子拉进膜，使用的gromacs2019，在做pull过程中显示：ERROR 1 [file pull.mdp]:
  When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms
  in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally
  placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 2 is larger than that
  and does not have a specific atom selected as reference atom.

在gromacs5中用同样的文件就不会报错

这是我的参数：
pull                     = yes
pull_coord1_type         = umbrella
pull_coord1_geometry     = distance
pull_ngroups             = 2
pull_ncoords             = 1
;pull-coord1-vec          = 0 0 1
pull_coord1_k            = 2000   
pull_coord1_rate         = -0.0002   
pull_coord1_start               = yes
pull_coord1_groups       = 1 2      
pull_group1_name         = pull
pull_group2_name         = POPC
pull_coord1_dim      = N N Y


请问如何修改参数呢，我试了添加pull-group1-pbcatom=0或-1都不行

FrancisCho

您使用的是distance，使用distance和direction有一个前提是拉动的距离要小于盒子在那个方向上长度的一半，可以选择使用direction-periodic或者gmx editconf -f .gro -o .gro -center x y z -box 2x 2y 2z来扩大盒子，但会增加运算量，以及体系中的分子会远离体系

侯易123

byqyb 发表于 2021-3-12 22:11
您好，请问这个问题您解决了吗？能否请教一下方法？

请问你这个问题解决了吗，我也遇到了同样的问题

byqyb

您好，请问这个问题您解决了吗？能否请教一下方法？

jluZ

请问这个问题解决了么？