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[GROMACS] 求助Semiisotropic时npt控压的设置

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本帖最后由 土拔鼠 于 2019-11-3 00:51 编辑

我的体系是膜(磷脂分子平行于Z轴)、蛋白、小分子、离子    我取消了Z轴的周期性边界条件 在Z轴加了两个Wall

控压方式选择的是 Semiisotropic 但是我不太清楚如何去设置 x/y   z这两个方向的压力耦合常数和压力 请教一下老师 对于膜体系一般设多少合适 我试了很多搭配 都提示Segmentation fault我看log文件里显示Step 282991  Warning: Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.

我减小了步长也没有解决
我检查了我的初始结构 初始结构是我前期在pbc=xyz isotropic的压力耦合方式下进行了10ns的npt 体系应该已经基本平衡了
我是在改变pbc=xy ,加wall 以及semiisotropic 之后出现的报错 所以我觉得是这里出了问题

下面是我在压力耦合部分的的mdp
pcoupl                  = Parrinello-Rahm
pcoupltype              = semiisotropic  
tau_p                   = 2.0               
ref_p                   = 1.0     0         
compressibility         = 4.5e-5     4.5e-5
pbc                     = xy
nwall        = 2








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模拟后膜表面不平整

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发表于 Post on 2024-3-4 15:46:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-29 23:30
令盒子尺寸越来越大,等于密度越来越小,这就是拉伸起到的效果

感谢老师 我已经通过deform设置得到了拉伸的结果,请问如何分析这一过程中体系受力的情况呢?

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发表于 Post on 2024-2-29 23:30:29 | 只看该作者 Only view this author
herbrex 发表于 2024-2-29 16:03
感谢sob老师的回答,恕我笨拙,请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗?(盒子的作用应该 ...

令盒子尺寸越来越大,等于密度越来越小,这就是拉伸起到的效果

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发表于 Post on 2024-2-29 16:03:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 herbrex 于 2024-2-29 16:08 编辑
sobereva 发表于 2024-2-28 01:16
这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了

感谢sob老师的回答,恕我笨拙,请问您的意思是利用盒子的形变来对film进行一个挤压吗?(盒子的作用应该只体现pbc并没有对体系有物理力的作用把);还是说您在这里建议用deform设置盒子形变的目的是什么呢?
我有想过采用pull的方式去对我的film进行一个拉伸处理,但是pull并不能对film进行整体上的拉伸而是拉伸一部分片段,因此我才想试试用更改压强的方式进行拉伸,但是我的结果并没有达到预期,因为我的构型在执行这一步模拟前后并没有变化。

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发表于 Post on 2024-2-28 01:16:08 | 只看该作者 Only view this author
herbrex 发表于 2024-2-27 09:09
请教sob老师,我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸,因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值(因 ...
这样设置过于抽象、间接
直接在mdp里用deform设置盒子形变速度就完了
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发表于 Post on 2024-2-27 09:09:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-27 01:33
因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大,如果用各项同性控压,会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的, ...

请教sob老师,我的膜体系想在xy方向对膜进行一个拉伸,因此我的想法是把xy方向上的参考压力设为负值(因为正值是对体系施加压力 那么负值应该就是对体系有一个拉伸)请问可行吗?如果可行那么参考压强和压缩系数怎么设置呢?

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发表于 Post on 2021-8-9 22:52:52 | 只看该作者 Only view this author
请问您关于wall字段的设置可以贴出来吗?谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-27 01:33:50 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 15:07
Sob老师,想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic,而不是isotropic?一直都是照着教程,教程怎么说怎 ...

因为膜的侧向和垂直于膜方向的特征差异极大,如果用各项同性控压,会导致XY和Z方向尺寸变化总是相同的,显然这和实际情况不符
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发表于 Post on 2020-4-25 15:07:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-25 03:21
膜体系Z方向一般都要用PBC,要不然某些水可能蒸发到无穷远,而且也没法控制Z方向压力

Sob老师,想请教一下为什么膜体系都用Semiisotropic,而不是isotropic?一直都是照着教程,教程怎么说怎么做,想不明白其中原理

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发表于 Post on 2020-4-25 15:05:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 azero 于 2020-4-25 15:07 编辑
土拔鼠 发表于 2020-4-25 09:30
我的要求比较特殊 我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

嗯嗯,原来如此

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 09:30:39 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

我的要求比较特殊 我是想将膜内外分成两个独立的部分所以才取消了Z轴的PBC并且加了Wall

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发表于 Post on 2020-4-25 03:21:21 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-4-25 01:31
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

膜体系Z方向一般都要用PBC,要不然某些水可能蒸发到无穷远,而且也没法控制Z方向压力
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发表于 Post on 2020-4-25 01:31:21 | 只看该作者 Only view this author
求教取消Z轴PBC的好处,跟XYZ三轴的PBC相比有什么好处优点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-5 14:48:29 | 只看该作者 Only view this author
昊彦祖 发表于 2019-12-16 13:36
楼主好,请问你的膜蛋白体系是single bilayer,靠着膜两侧的Δq让离子通过吗?

是的 想的是依靠Δq 但效果不好

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发表于 Post on 2019-12-16 13:36:40 | 只看该作者 Only view this author
楼主好,请问你的膜蛋白体系是single bilayer,靠着膜两侧的Δq让离子通过吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-3 00:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-1 17:21
可以

我不知道错位是什么情况,最好给个图。合理

社长 我已经把图传到一楼的帖子上了 您方便的时候看一下

还有一个问题 使用berendsen控压后在Z轴方向在水盒子尺寸变得很大 溶剂化用的是spc216进行的 spc216一般不是已经进行了预平衡吗 并且溶剂化之后体系的密度比纯水略高 但没高多少 我不太理解为什么在控压后Z轴又会出现这么大的尺寸变化

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